27 сентября Щ-307 перешла в Ленинград для ремонта на Балтийском заводе и ошвартовалась у борта спасательного судна «Коммуна», стоявшего рядом с мостом имени лейтенанта Шмидта. На следующий день Военный совет КБФ принял решение по бригаде подлодок. В нем говорилось:
И тем не менее новый комбриг Трипольский и комиссар Майоров предприняли попытку спасти заслуженного подводника. 7 октября они отправили отношение в Военный совет КБФ, в котором предлагалось наказать Николая Ивановича в дисциплинарном порядке вплоть до снижения в звании, отставить от представленной награды, но не отдавать под суд. Увы, это обращение не возымело действия. Как рассказывал Н. Н. Танин, 7 или 8 октября на «Коммуну» прибыли два человека в штатском и спросили, где найти командира Щ-307 Петрова. Примерно через 15 минут Николай Иванович в сопровождении этих людей вышел из каюты. Сказал: «Не беспокойтесь, я вернусь» – и вместе с ними пошел по набережной. Взойти на мостик своей подлодки ему было уже никогда не суждено…
Почему же командование КБФ проявило такую настойчивость в стремлении сурово наказать лучшего на тот момент из командиров подводных кораблей? Ответ находим во все тех же политдонесениях.