Ввод войск в Прибалтику ускорило обострение советско-финских отношений. Это привело к наращиванию группировки КБФ в Эстонии. В Таллин прибыли мастерская «Серп и молот», плавучая база «Ока», спасательное судно «Сигнал». 15-я аэ перелетела на аэродром Кихелькона расположенный на острове Сааремаа Моонзундского архипелага. При перелете 11 ноября 44-й аэ в Палдиски, а также из-за шторма, осталось целыми только 4 МБР-2. Из 15 других самолетов один разбился о спуск и утонул, четыре застряли на берегу в илистом грунте, девять были выброшены на камни[62]
.Для координации действий частей и кораблей КБФ было развернуто управление ОВР Балтийской ВМБ, с подчинением ее Военному совету КБФ. Командиру ОВР подчинялись 1-й дн сторожевых кораблей (из шести, два), 1-й и 2-й дн базовых тральщиков (из десяти — восемь), 1-й дн СКА (восемь). Управление начало работу только в феврале 1940 года. До этого общее руководство осуществлял заместитель командующего КБФ флагман 2-го ранга В. А. Алафузов.
В связи с началом Советско-Финляндской войны положение сил КБФ в Эстонии значительно усложнилось. Перевозки по Финскому заливу проводились под воздействием противника. Обострилась внутриполитическая ситуация в Эстонии. Помимо размещения и обустройства силы КБФ из Эстонии участвовали в боевых действиях. Группировка флота в Таллине и Палдиски была значительно увеличена. Подходы к портам, якорные стоянки кораблей, аэродромы и пункты расположения береговых частей необходимо было охранять от нападения противника с моря, воздуха и даже с берега специально для этой цели выделенными кораблями и частями, с повышенной боеготовностью[63]
.В декабре был развернут участок СНиС с постами в Таллине и Рохукюла. В Палдиски прибыли 23-й (М-72, 74, 75, 77) и 26-й (М-90, 94, 95, 96) дн ПЛ 3-й бр ПЛ. Для минной обороны пришли базовые тральщики «Гафель» и «Шпиль» (оба в Палдиски), «Верп», «Патрон» и «Буй». Для охраны базы — сторожевые корабли «Буря» и «Циклон», 2-е и 3-е звенья 1-го дн СКА (131-й — 133-й и 141-й — 143-й). Для противовоздушной обороны прибыли пулеметная рота и сводная прожекторная рота (по прожекторной станции от 2-го и 3-го зенп). На транспорте «Луга» в район Палдиски прибыл 83-й озадн. Прибывшие батареи 202-го озадн (переданного из ЛенВО) распределили: 1-я батарея прикрывала аэродром Лаокюла, 2-я батарея аэродром Кихелькона, 3-я батарея размещалась на острове Пакри. Для береговой обороны в Палдиски прибыла 12-я железнодорожная 180-мм батарея, 11-я батарея (152-мм), 21-я и 22-я батареи (130-мм). В Палдиски начали дислоцироваться 10-я саперная рота и 6-я железнодорожная эксплуатационная рота. С 26 декабря в Таллине начал базироваться 3-й дн эсминцев в составе «Володарский», «Карл Маркс» и «Артем».
Начавшаяся зима и ледостав вызвали необходимость большего количества ледоколов, но они были заняты в обеспечении боевых действий в восточной части Финского залива. По этой же причине реже стали водные перевозки. В новых базах было затруднено проведение аварийного и капитального ремонта. После ледостава корабли не были обеспечены в необходимом количестве углем и другими видами топлива[64]
.Значительные усилия предпринимали для наращивания авиационной группировки. В районе Палдиски развертывалась 10-я авиационная бригада. С 4 по 18 декабря, в 7 км южнее Палдиски, почти без всяких средств механизации, личным составом 10-й саперной роты, береговых и железнодорожной батарей, был построен сухопутный аэродром (Лаокюла). В конце декабря, рядом с ним, в бухте Палдиски, на льду был построен аэродром для гидросамолетов. Пропускная способность обоих аэродромов составляла 60–70 самолетов. На сухопутный аэродром перелетели 1-я и 2-я аэ бомбардировщиков (20-й отдельный авиотряд) и 1-я и 2-я аэ истребителей (30-й оавотр). Эти эскадрильи формировались из состава самолетов и экипажей различных частей ВВС КБФ, Черноморского и Тихоокеанского флотов. В оперативном подчинении командира 10-й абр находился участок ПВО. По договоренности с эстонским командованием на линии Суроп — Найссаар — Аэгна, в районе Палдиски и на таллинском рейде несли дозорную службу корабли эстонского флота.
Для обеспечения боевого управления частями и соединениями, дислоцируемыми в Эстонии и Латвии, был сформирован походный штаб КБФ. Он располагался в Таллине на пароходе «Сибирь»[65]
. В январе в состав 3-го дивизиона эсминцев прибыли в Таллин «Ленин» и «Энгельс». 7 января 1-й дн СКА получил приказ перебазироваться в Лиепаю. При движении за эсминцем «Володарский» они были затерты льдом у острова Найссаар и 9 января вернулись в Таллин. Катер № 111 получил пробоину и утонул, корпуса остальных подверглись деформации. В рамках зимней обороны, для отражения нападения диверсионных групп была создана рота зимней обороны гавани Палдиски. Она состояла из личного состава плавучих баз и плавучей мастерской.