В мае-августе 1943 г. произошло организационное оформление территориальных структур УПА. Сначала все отряды на территории Ровенщины были сведены в первую группу (т. н. «Северная группа») под командованием уже упоминавшегося Дубового. На юге Ровенщины на базе отрядов Энея (П. Олийнык) разворачивалась «Южная группа». На северо-западе Волыни организовывалась группа «Озеро», которое в будущем возглавил Рудой (Ю. Стельмащук).
В середине августа прошла первая реорганизация УПА на территориальной основе. Северо-западная группа была привязана к военному округу (ВО) «Туров» с дислокацией в районе Луцк — Горохов — Володимир-Волынский — Камень-Каширский — Ковель, отдельные группы оперировали до Бреста. Северная группа — ВО «Заграва» дислоцировалась в районе Сарны — Костополь, отдельные группы оперировали до Пинска. Южная группа — ВО «Эней» (позже — «Богун») оперировала на юге Ровенщины и севере Тернопольщины с базой в Кременецких лесах. Несколько позже в юго-восточной части Ровенщины на границе с Житомирской области была организована немногочисленная Восточная группа — ВО «Верещаки» (позже «Тютюннык») под командованием Ф. Воробця («Верещака»)
Кстати, именно территориальность будет как будущим положительным моментом в организации — убитые боевики пополнялись за счет местного населения, что позволяло отчасти восстановить боеспособность разгромленных формирований, так и отрицательным — формирования были жестко привязаны к определенному району, что ограничивало их маневренность (поскольку местные боевики не желали уходить далеко от своих домов) и обуславливало успешность операций по блокированию и прочесыванию.
Параллельно с военными структурами, создавались и тыловые в виде надрайонов и районов, которые возглавлялись комендантами, обязанными обеспечивать организационную связь УПА с территориальными структурами ОУН. На основе этих тыловых структур разворачивались отряды «самообороны», которые служили кадровым резервом УПА.
Наибольшей тактической единицей УПА был курень батальонного состава (500–700 чел.) в составе трех-четырех сотен. Сотни подразделялись на три стрелковых взвода («чоты») и один пулеметный взвод. В состав чоты входило три отделения («рой») по 8-10 человек. Курени объединялись в отряды или бригады. Однако такое было не часто и характерно для Волыни. Да и само понятие «бригада» было чисто номинальным. Скорее всего, в этом случае негативную роль играла все та же территориальность, когда повстанцы и командиры отказывались служить с «чужаками» и подчиняться чужим командирам. Помимо этого отмечается непостоянство численного состава подразделений, а также формирование сводных боевых единиц переменного состава — отделов и подотделов.
После августовского III чрезвычайного Великого сбора ОУН (1943 г.) было решено включить в состав УПА вооруженные формирования на Галичине — т. н. Украинскую народную самооборону, созданную июле-августе 1943 г. (УНС). После включения в начале 1944 г. УПА на Волыни и в Полесье было объединено в УПА-Север, а на базе УНС развернута УПА-Запад. Первой командовал Д. Клячкивский-Савур («майор Омелян Крымский»), а второй — В. Сидор («Ростислав Вышитый»).
УПА-Запад первоначально состояла из шести ВО — «Башта», «Буг», «Лисоня», «Говерла», «Макивка» и «Закерзонье» (Польша), позднее их количество сократили до четырех. В пределах ВО формировались тактические подразделения («видтинки»), которым подчинялись курени и отделы.
Помимо этого, оуновцы пытались развернуть структуры УПА-Юг и УПА-Восток.
Однако эти попытки провалились, прежде всего, из-за отсутствия поддержки местного населения. Поэтому встречающиеся упоминания об УПА-Юг на самом деле относятся к отдельным отрядам ВО «Богун» УПА-Север и ВО «Лисоня» УПА-Запад, которые рейдировали на территории Каменец-Подольской, Винницкой и южной части Житомирской области, периодически заходя в Киевскую область. УПА-Восток же идентифицируется с ВО «Тютюннык» УПА-Север, подразделения которой рейдировали на севере Житомирской области, периодически также заходя в Киевскую область. Южнее и восточнее этих территорий, ни о каких подразделениях УПА речи быть не может, а можно говорить исключительно о террористической и подпольной деятельности боевых групп ОУН, крайне немногочисленных и быстро разгромленных.