Для туземного населения Туркестана, Закавказья и Сибири создавались русско-туземные школы. В этих школах предусматривался четырехлетний срок обучения. Русские преподаватели должны были обучать туземцев русскому языку и арифметике, а учителя местной национальности – местному языку. Для мусульман отдельно было предусмотрено изучение арабского языка и письменности, основ мусульманского вероучения. При русско-туземных школах могли теперь создаваться вечерние классы для изучения русского языка взрослым населением.
Обучение во всех учебных заведениях, кроме начальных школ, было раздельным.
Учащиеся средних и высших учебных заведений, которые были замечены в участии в антиправительственных выступлениях, подлежали исключению и более не могли поступать в иные учебные заведения.
Высшие учебные заведения управлялись ректорами, которые назначались сроком на 5 лет Высочайшим указом по представлению министра народного просвещения. Деканы же назначались на 5 лет инспектором учебного округа и утверждались министром народного просвещения. Если же речь шла о частных учебных заведениях, то кандидатуры на должности ректора или же декана представлялись для утверждения министру либо же инспектору учебного округа.
После появления нового закона министр народного просвещения Боголепов утвердил двухлетнюю программу по реорганизации учебных заведений.
Был обнародован новый единый Устав высших учебных заведений, пришедший на смену Университетскому уставу 1884 года. Полностью упразднялись органы университетского самоуправления, существовавшие с 1863 года, университетский Совет и факультетские собрания. Профессорские вакансии замещались с ведома министра народного просвещения, который по своему усмотрению мог не утвердить предложенную университетом кандидатуру.
Студентам категорически воспрещалось организовывать как на территории учебного заведения, так и вне него, какие-либо студенческие кружки, общества, читальни, столовые, публичные собрания, не имеющие научного характера. Научные кружки подлежали обязательной регистрации у инспектора классов с приложением списков участников. Под страхом исключения студентам были воспрещены любые совместные действий, будь то сходка или коллективное прошение или жалоба.
Для поступления в высшее учебное заведение, а равно для допуска к защите диссертации, необходимо было предъявить свидетельство о благонадёжности, выданное губернским жандармским управлением.
Переходные экзамены, с курса на курс, принимались профессурой, а вот выпускные экзамены, государственные, принимались исключительно чиновниками Министерства народного просвещения.
Размер оплаты за обучение был установлен в размере 200 рублей в год, что было весьма солидно для малообеспеченных и части среднеобеспеченных студентов. Малоимущим студентам могло быть предоставлено освобождение от платы, ежели будет предоставлено свидетельство о бедности. Для поддержки нуждающихся студентов могли устанавливаться стипендии из средств Государственного казначейства, а также единовременные пособия.
Студент, освобождённый от платы за обучение, либо получающий стипендию из казначейства, отныне обязан подписать обязательство о том, что по окончанию высшего учебного заведения он обязан прослужить по назначению правительства два года за каждый год обучения.
Вносить плату за обучение и платить стипендию могли также земства, товарищества, артели, частные лица, при наличии соглашения и обязательства студента относительно его службы по окончанию учебного заведения.
В то же время министр Боголепов предусмотрел строительство общежитий для студентов ряда высших учебных заведений. По программе в течение десяти лет такие общежития должны иметься в каждом высшем учебном заведении, что существенно облегчало контроль за студентами со стороны администрации.
С 1-го января 1896 года были введены в действие дисциплинарные уставы для средних и высших учебных заведений. Инспектор классов и его помощники имели право не только следить за поведением студентов в стенах учебного заведения, не только делать студентам замечания по поводу их внешнего вида или опозданий на занятия, но и контролировать их поведение в городе. За нарушение дисциплины и установленных правил поведения следовали замечание, внушение, выговор, а после и отчисление. Единожды отчисленный за дурное поведение учащийся не мог не только восстановиться, но не мог отныне даже поступить в иное учебное заведение.
Поистине революционные изменения вносились в программу обучения. Шоком для университетской общественности стало упразднение таких дисциплин, как философия и богословие. В связи с этим кафедры философии во всех университетах ликвидировались. Ну как же так, ведь каждый уважающий себя русский интеллигент всенепременно считал себя философом, а философию – наукой наук, без которой невозможно представить прогресс и европейское воспитание.