Следующими по значимости были три императорских секретариата (sacra scrinia), в которых служили госсекретари общих петиций (magistri memoriae), переписки (epistolarum) и петиций юридического характера (libellorum). На Востоке существовал особый отдел переписки с греками (scrinium epistolarum Graecarum), который занимался письмами, написанными по-гречески, и переводами латинских законов на греческий язык.
Отдел общих петиций составлял проекты рескриптов частным лицам. Отдел переписки — судьям, а также отвечал на возражения делегаций законодательных органов провинций и городов. Отдел юридических петиций подготавливал дела для высшего императорского суда. Кроме того, все три отдела занимались и другими вопросами, оформляли императорские рекомендательные письма или сертификаты, позволяющие поступать на гражданскую и военную службу. Они также получали официальные отчеты и сообщения, относящиеся к различным сферам — от ежегодных отчетов о соотношении сил в приграничных районах, поступающих от военачальников, до сведений о посещении занятий студентами университета в Риме.
Ведомственные отделы (scrinia) представляли собой небольшой управленческий орган. Лев зафиксировал следующее количество служащих их штатов: госсекретари общих петиций (memoriales) — 62, секретари отдела переписки (epistolares) — 34 и секретари отдела юридических петиций (libellenses) — 34. Они обслуживали не только глав отделов императорского секретариата (magistri scriniorum), но также и квестора, которому разрешалось иметь двенадцать служащих в отделе общих петиций и по семь в каждом из двух остальных отделов; все три отдела содействовали ему в выполнении его обязанностей — составлении петиций и черновых вариантов императорских указов. На Востоке квестор был уполномочен также регистрировать небольшие военные поручения (laterculum minus), которые затем отсылались военачальникам когорт и кавалерии. Старший помощник квестора, который занимался этими делами, назывался «laterulensis».
Основой продвижения по служебной лестнице в каждом отделе был трудовой стаж. Служащие поднимались на одну ступеньку вверх через каждые три, затем два и, наконец, один год. Впоследствии они становились служащими уже императорского секретариата (melloproximi), а затем и старшими служащими ведомственного отдела (ргохimi). В 444 г. Феодосий утвердил правила покупки постов. Ежегодно собирающиеся в отставку старшие служащие ведомственного отдела (proximi) продавали свою должность, цена которой достигала 250 солидов для старшего внештатного служащего. Если у него не оказывалось таких денег, должность продавалась следующим по званию претендентам. Вакансии, появлявшиеся в результате смерти служащих, продавались аналогичным способом, причем цену назначали наследники умершего. В дополнение кандидат на должность платил 15–20 солидов ответственному за штат сотрудников отдела. Места помощников квесторов также продавались. Юстиниан установил их стоимость в сто солидов, за исключением должности старшего помощника каждого отдела, которая продавалась по рыночной цене.
Поскольку работа в императорском секретариате предполагала составление черновых вариантов правительственных деклараций, его служащие должны были иметь некоторое образование и, в частности, знать латинский язык, которым на восточных территориях мало кто владел в совершенстве. Часто среди этих служащих были сыновья декурионов или гражданских служащих. Отпрыски старших служащих ведомственных отделов имели особые притязания на поступление в отдел своих отцов. В конце IV в. вышедший в отставку служащий имел высокое общественное положение. Старшие служащие ведомственных отделов уравнивались в правах с наместниками, консулами и чиновниками, имеющими двадцатилетний стаж работы. Более низкую позицию по сравнению с императорским секретариатом (sacra scrinia) занимал scrinium dispositionum, который, по всей видимости, планировал поездки императора и составлял расписание и officium admissionum, регулировавшее предоставление аудиенций.