Никейские канонические правила действовали не везде. В Африке существовал обычай, по которому верховенством обладал старший епископ провинции, а не епископ столицы провинции (за исключением епископа Карфагена, который стоял во главе проконсульской провинции). В конце VI в. этот обычай все еще оставался в силе. В целом церковь следовала установкам провинций, приспосабливая свою организацию к государственной. Но обнаруживались и некоторые исключения. Епископы Александрии утвердили свое право производить посвящение в сан епископа на всей территории Египта, образовывавшего в старые времена единую провинцию. Они сохранили это право за собой, даже когда Диоклетиан поделил Египет на несколько провинций. Точно так же и епископ Рима, традиционно уполномочиваемый посвящать в сан всех епископов Италии, юга Апеннин из Сицилии, продолжал это практиковать и после того, как территорий были по-новому поделены на провинции. В других местностях два важных города оспаривали порою право быть центром епархии, что оканчивалось ее окончательным разделом. Так, Арль в конце IV в. отказался подчиняться Виенне (Vienne), которая была столицей провинции, и римский папа Лев для разрешения этого спо ра пошел на компромисс, образовав из одной епархии две. Подобным образом Памфилия была разделена между Сидой, реальной митрополией, и Пергамом, который в гражданской сфере обладал званием столицы. Попытки других прославленных городов — Бейрута (Beritus) и Никеи — образовать митрополии, центрами которых они бы являлись, не увенчались успехом.
Рост какой-либо другой организации, по рангу выше, чем провинциальная епархия, шел медленно и хаотично. Никейский собор признал определенные первенства, установленные ранее. Он вновь подтвердил древний обычай, согласно которому епископ Александрии правил в духовном плане городами Египта и Пентаполиса. Включение в сферу его влияния Пентаполиса, который всегда представлял собой отдельную провинцию, по всей видимости, было нововведением, так как Пентаполис продолжал обладать собственным митрополитом, который, однако, мог посвящать в сан епископа священников своей провинции только с разрешения александрийского епископа. Собор также утвердил юрисдикцию Рима над близлежащими провинциями и первенство Антиохии в Восточной епархии. Свое правление епископ Антиохии осуществлял с некоторыми отклонениями от обычных правил: поскольку во всех провинциях был свой митрополит, посвящавший в сан епископа своих провинциальных священников, то антиохийский епископ производил посвящение в сан митрополита. Во всяком случае, это правило было введено позже, но когда точно, трудно сказать. В начале V в епископ Антиохии все еще пытался утвердить за собой право посвящать в сан митрополитов Кипра, но епископы той провинции решительно заявили, что по древней традиции они должны выполнять эту процедуру лично, и на Эфесском соборе в 431 г. они добились этого права.
На Западе епископ Карфагена в течение длительного времени пользовался четко не определенным, но весьма реальным верховенством во всех африканских провинциях, созывая советы епископов со всех территорий. Здесь вопроса о посвящении в сан митрополита не существовало, так как митрополитов попросту не было. Председательство в советах провинций осуществлялось лицом, имеющим продолжительный духовный стаж. На Востоке епископ Эфеса в некотором отношении был главой Азиатской епархии, но, как кажется, он не наделялся какими-либо определенными правами.