Относительно религиозных доктрин Константин II и его брат были поставлены в абсолютно разные ситуации. На Западе, где традиционным был термин consubstantialis, никейский символ веры был принят почти единогласно, и первое, что предпринял Константин II, было возвращение из ссылки в Трире Афанасия. Афанасий вернулся на Восток, где он с триумфом вошел в Александрию 28 октября 338 года. На Востоке, с другой стороны, мнения сильно разделились. Большинство епископов, хоть немного смысливших в теологии, яростно сопротивлялись никейской формуле. Сильна была партия арианцев, но еще больше было тех, которые, отрицая взгляды Ария, одновременно возражали против еретического и небиблейского термина homoousios («из одной субстанции»). Они поделились на множество школ, некоторые из которых предложили понятие homoiousios («из сходной субстанции»). По их мнению, это небольшое различие в написании вело к радикальному различию в теологии. Констанций разделял взгляды этих теологов, особенно Евсевия, бывшего епископа Никомедии, а теперь, вопреки никейскому канону, епископа Константинополя.
Одной из главных целей антиникейской группы было смещение Афанасия. Когда император восстановил его в правах, Афанасий предпринял неверный шаг, а Евсевий и его друзья воспользовались этим для того, чтобы отстранить его от должности, а затем выбрали нового епископа Александрии — Григория, который занял свое место не без помощи императорских войск. Афанасий сбежал в Италию и там обратился с апелляцией к папе Юлию. Папа принял его жалобу на рассмотрение и приказал восточным епископам послать своих представителей в Рим, с тем чтобы они предъявили свои обвинения против Афанасия. Восточные епископы проигнорировали вмешательство, папы и в 340 году Юлий сам рассмотрел этот случай в суде, объявив Афанасия невиновным. Восточные епископы провели ряд советов, на которых была предпринята попытка выработать новый символ веры, который отражал бы их взгляды. Тем временем папа обратился к Константу, чтобы он заставил своего брата провести всеобщий собор церкви для рассмотрения дела Афанасия. В 342 или 343 году (дата точно не установлена) был собран собор в Сардинии, городе на восточной границе владения Константа, но он так и не стал единым совещательным органом. Западная делегация настаивала на том, чтобы Афанасия пригласили как члена собора, восточная считала, что он должен быть вызван в качестве обвиняемого. Западники оправдали Афанасия и ввели ряд канонов, дающих папе право высшего апелляционного суда. Представители Востока собрались в Адрианополе, осудили Афанасия и создали новый символ веры. Тем не менее в 345 году после смерти Григория Констанций под давлением брата позволил Афанасию вернуться и занять должность епископа Александрии.
18 января 350 года Констант был убит в Гелерне своим comes sacrara largitionom — Марцеллином, и Магненций, командир отборных полков, носивших имя Юпитера и Геркулеса, был провозглашен августом. Вскоре после этого 1 марта Ветраний, старший начальник солдат в Иллирии был также провозглашен августом и то же самое случилось 3 июня, когда Непоциан, племянник Константина Великого, был провозглашен августом в Риме. Магненций быстро расправился с Непоцианом и вместе в Ветранием отправил к Констанцию II посланника, требуя признания их титулов. Получилось так, что заявление Ветрания было обусловлено сговором и единственным его желанием было сохранить порядок в армии Иллирии до прибытия Констанция из Антиохии. Когда он прибыл, Ветраний позволил ему обратиться к войскам, которые тотчас же его поддержали. Ветраний был прощен и уволен на пенсию.
Теперь осталось только расправиться с Магненцием. Для того, чтобы сохранить порядок на востоке, пока он будет двигаться на запад, Констанций 15 марта назначил цезарем своего племянника Галла, который со своим младшим сводным братом были единственными уцелевшими членами семьи Константина. 28 сентября 351 года Констанций разбил Магненция в Мурсии. Магненций отступил в Галлию, где был окончательно разбит и убит на горе Селевкия (летом 353 года).
В Галлии Констанций получил неприятные новости от Галла. Молодой человек был крайне неопытным, так как воспитывался в изоляции вместе с Юлианом, в отдаленной каппадокийской крепости. Обоих братьев готовили к службе в церкви. Неожиданно получив верховную власть, Галл проявил неустойчивый характер, напористый и жестокий. Он жестко подавил восстание евреев в Галилее, разрушил город в Сепхоре, а во время нехватки хлеба в Антиохии создал режим террора над декурионами и позволил учинить самосуд над провинциальным правителем. Констанций действовал осторожно. Одного за другим он сменил министров и постепенно вывел свои войска. В конце концов Галл был арестован, привезен под арестом в Полу и казнен (зимой 354 года).