Юлиан быстро отменил законы, запрещавшие жертвоприношения, вновь открыл храмы и вернул им конфискованные земли. Он издал приказ, в соответствии с которым разрушенные храмы должны были восстанавливаться на средства тех людей, которые их разрушали. Так как не существовало законов об уничтожении храмов, эта мера была юридически закреплена и вызвала много трудностей у жителей, которые построили себе дома из камней разрушенных храмов. Они были поставлены перед выбором: разрушить свои дома и восстановить храмы, или платить обременяющую цену за постройку новых. Юлиан всячески способствовал развитию язычества, раздавая должности и титулы тем, кто исповедовал языческую веру. Таким образом, появилось большое количество вероотступников. Особое внимание он уделил армии. Во время частых жертвоприношений было забито огромное количество быков, мясом которых кормили солдат. А на выплатных пунктах он приказал разместить алтари, чтобы люди, получавшие зарплату, могли здесь же вознести молитвы богам. Вслед за Макси мином он назначил гражданских и провинциальных верховных священников. Сохранились некоторые письма Юлиана, в которых он инструктирует языческих священников, дает им советы: проводить для наглядности умеренные сборы денег, никогда нелосещать театр или игры, сохранять свое достоинство перед лицом провинциальных правителей и, помимо прочего, — организовать в подражание христианам пожертвования для бедных и иностранцев. Продукты для этой цели выделялись из императорских амбаров. Для высшего духовенства в Галатии было выделено 60 000 sextarii вина и 30 000 modii зерна. Он также понуждал священников склонять, богатых язычников и языческие деревни к денежным взносам.
Хотя он и не мог поддерживать евреев, которые были такими же монотеистами как и христиане, он к ним относился благосклонно, так как они были врагами христианства. Юлиан уменьшил размер сборов золота, которое они должны были выплачивать, и начал приготовление к восстановлению храма в Иерусалиме.
Юлиан практически отменил все финансовые, юридические и куриальные привилегии для духовенства. Он перестал совершать правительственные пожертвования для церквей, которые были установлены Константином, но не ввел наказаний. Он провозгласил полную свободу всех религий и, в связи с этим, отменил учрежденные законом наказания еретиков. Наблюдая за возникшими вслед за этим спорами, он испытывал злорадство.
Такое резкое изменение политики спровоцировало отдельные беспорядки. И надо заметить, что Юлиан не всегда был объективен при вынесении наказаний. Когда жители Александрии подняли бунт и совершили самосуд над ненавистным им епископом Георгием, Юлиан ограничился тем, что послал им мягкое порицающее письмо. Когда жители Кесарии. Каппадокийской непокорно разрушили последний уцелевший храм, он приказал взимать подушный налог со всего городского населения, а духовенство назначил на самые низкие и непопулярные служебные должности. Он наложил суровый штраф на церковь в Эдессе, которая препятствовала службе еретиков. Когда жители языческого города Газа совершили самосуд над человеком, виновным в разрушении храма, он выгнал со службы правителя этой провинции за то, что он сурово обошелся с бунтовщиками.
Один из указов Юлиана вызвал яростное негодование не только у большинства христиан, но и критику со стороны лояльных язычников, каким, например, был Аммиан. Юлиан запретил христианам становиться учителями грамматики и риторики. При этом он презрительно рекомендовал им «выйти из церкви и развивать теории Матфея и Луки». Его решение было достаточно логичным: учитель должен верить в то, что он преподает, а христиане не могли честно излагать истории о языческих богах Гомера и Вергилия.
Меньшая часть христиан разделяла эту точку зрения, но для большинства традиционное классическое образование было пропуском к профессиональной и служебной карьере, доступом в культурное общество. Родители христиан предпочитали отдавать детей на обучение языческим учителям, чем вообще лишить их классического образования. Лидеры церкви вскоре начали бояться (и не без оснований), что отступничество молодых людей примет всеобщие масштабы. Двое христианских ученых попытались решить проблему путем переложения Писания в классическую форму, т. е. изложить их в форме эпоса Гомера, од Пиндара, аттических трагедий и комедий, диалогов Платона. Но это был напрасный труд. Христиане вернулись к привычным им текстам сразу после смерти Юлиана.
В качестве августа Юлиан оказался таким же аккуратным и трудолюбивым администратором, как и в качестве цезаря. Он провел большую чистку в штате дворцовых служащих, а также решительно сократил количество нотариусов, agentes in rebus и domestici et protectores, которых лелеял Констанций II и количество которых неимоверно увеличилось. Он установил строгие полномочия для служащих, занимавших государственный пост. Юлиан вернул городам земли и право сбора налогов, которого они были лишены его предшественниками. Он укрепил городские советы, отменив освобождения от членства вних.