Наказ Государственной Думы 1907 г. (это положение было подтверждено в 1909 г.) предоставил ее комиссиям право разрабатывать законопроекты и при согласии министра на его разработку, то есть параллельно. Правительствующий сенат признал соответствующий параграф наказа противоречащим закону, однако думские деятели указывали, что при такой трактовке закона право законодательной инициативы Думы превращается в фикцию (министр может согласиться выработать законопроект и не делать этого неопределенное время), что противоречит духу закона. Правительство также возражало против думской практики. Циркуляр Совета министров 1911 г. даже запретил предоставлять комиссиям Думы материалы при параллельной разработке законопроектов. В апреле 1914 г. император утвердил положение Совета министров о единой линии правительства по отношению к параллельной разработке законопроектов. Согласно этому положению, министры при принятии обязательства выработать законопроект должны были указывать срок выработки, при параллельной разработке чиновники ведомств не должны были являться в думские комиссии, а в общем собрании Думы им предписывалось заявлять формальный протест. При разработке комиссиями законопроектов, от выработки которых министры отказались, предписывалось не сообщать комиссиям никаких материалов, а в общем собрании оспаривать проект по существу1
.Несмотря на такую позицию правительства, несколько законопроектов, выработанных параллельно думскими комиссиями, было одобрено палатами и утверждено императором. По наказу Думы, в случае признания законодательного предположения желательным и передачи его в комиссию для разработки все другие проекты по этому вопросу, в том числе правительственные, сдавались в комиссию в качестве материала без обсуждения.
Так практика скорректировала порядок законодательной инициативы Думы, зафиксированный в ее Учреждении. Он стал более продуманным и позволял сочетать реальную законодательную инициативу членов Думы и давал содействие им в этом аппаратов министерств (депутатам самим было бы довольно сложно составлять законопроекты), добывать необходимые материалы. Первая Государственная Дума тем не менее сочла такой порядок законодательной инициативы чересчур стеснительным для себя. Здесь явно сказалась тактика конфронтации «штурма власти». Фракция конституционных демократов внесла законодательное предположение о пересмотре соответствующих статей учреждения Государственной Думы. Этот проект Дума рассмотреть не успела, но он применялся на практике и оказался неудачным. Поэтому в думах последующих созывов применялась установленная законом процедура2
.Одобренные Государственной Думой законопроекты передавались в Государственный Совет. Он мог одобрить законопроект, отклонить его или частично согласиться с ним. В последнем случае Совет либо возвращал проект в Думу со своими поправками, либо передавал его в согласительную комиссию, образуемую законодательными палатами на паритетных началах. На практике в подавляющем большинстве случаев применялась вторая процедура, после которой законопроект возвращался в Думу. Если она соглашалась с поправками Совета, законопроект представлялся императору без нового обсуждения в Совете.
Проекты, выработанные министрами по инициативе Государственного Совета или его комиссиями, вносились в Совет и после его одобрения поступали в Думу, которая пользовалась теми же правами, что и Совет, в отношении законопроектов, одобренных Думой. Следует отметить, что Государственный Совет пользовался правом законодательной инициативы крайне редко. По его инициативе возникло лишь 6 проектов.
Выше уже указывалось, что при обсуждении проекта Основных законов ряд высших чиновников предлагал дать Государственному Совету право не абсолютного, а лишь отлагательного вето, которое Дума могла преодолеть большинством в две трети голосов. Противники этой меры возразили, что она уничтожает Государственный Совет, и Николай II отклонил это предложение. Одобренные законодательными палатами законы подлежали утверждению императором. Как и в других странах, российский император утверждал практически все одобренные палатами законопроекты, отказав в утверждении за все время действия Основных законов лишь двум (о штатах морского Генерального штаба в 1909 г., сочтя, что законопроект вторгается в его прерогативы, и об отмене ограничений в правах для лиц, служивших или лишенных духовного сана в 1911 г.).
Законопроекты, составленные по инициативе законодательных палат и не утвержденные императором, не могли вноситься в ту же сессию. Законопроекты, выработанные по инициативе палат и отклоненные одной из них, могли вноситься в ту же сессию лишь по повелению императора. Наказ Государственной Думы запрещал вносить в ту же сессию отклоненные ею законопроекты.