Однако вскоре Главное управление командующего войсками ПВО было расформировано. Контроль за действиями войск ПВО, а также укомплектование войск рядовым и начсоставом, боевой техникой и вооружением возлагался на командующего артиллерией маршала артиллерии Н. Н. Воронова, при котором были сформированы Центральный штаб ПВО, Центральный штаб ИА ПВО, управление боевой подготовки, Главная инспекция ВПВО и центральный пост ВНОС.
Это был шаг назад, так как, во-первых, нарушался принцип централизованного управления войсками и, во-вторых, Восточный фронт был практически бездействующим, особенно когда Красная Армия стала успешно продвигаться на запад. В-третьих, у командующего артиллерией Н. Н. Воронова хватало дел и по своим прямым обязанностям, к тому же он работал в составе группы представителя Ставки (или самостоятельно был представителем Ставки ВГК). Ему было невозможно и руководить еще войсками ПВО. Примером того были трагические дни 22 и 23 июня 1941 г., когда он, находясь в Генштабе, ни разу не связался с командующими западных зон ПВО, не отдал ни одной команды и не получил докладов о положении дел от своих подчиненных.
В третьем периоде
войны основные усилия войск ПВО направлялись на прикрытие от ударов с воздуха крупных центров страны, коммуникаций и объектов над освобождаемой территорией. На противовоздушную оборону Киева, в частности, были поставлены 7 КПВО и 9 ИАК ПВО.А в конце завершающего периода
войны войска ПВО прикрывали и фронтовые группировки войск, и объекты фронтового тыла, коммуникации, мосты на реках Висла, Варта, Нейсе. Участвовали также в блокаде окруженных войск противника в районе Бреслау (4-й корпус ПВО и 3-й КПВО прикрывал войска 2-го Белорусского, 1-го Белорусского, 1-го Украинского фронтов).Наращивание системы ПВО осуществлялось маневрированием сил и средств для прикрытия Киева, Минска, Таллина, Риги, Вильнюса, Кишинева, Львова, Одессы.
Для более эффективного управления войсками при выполнении поставленных задач ГКО принял постановление № 5508сс
Согласно данному постановлению Западный фронт переформировался в Северный фронт ПВО со штабом в Москве (командующий генерал-полковник М. С. Громадин), а Восточный — в Южный фронт ПВО со штабом в Харькове (командующий генерал-лейтенант Г. С. Зашихин). Закавказская зона ПВО была преобразована в Закавказский фронт ПВО со штабом в Тбилиси (командующий генерал-лейтенант артиллерии П. Е. Гудыменко). В состав Северного фронта вошли Особая Московская армия ПВО и 10 корпусных и дивизионных районов ПВО, а также 1-я отдельная бригада ПВО и части Курского корпусного района ПВО.
В Южный фронт ПВО вошли Львовский, Киевский, Харьковский, Одесский, Донбасский и Сталинградский корпусные районы и пять дивизионных районов ПВО, а также части Курского корпусного района ПВО в пределах фронта.
Граница между Северным и Южным фронтами ПВО была установлена на линии Луцк — Нежин — Новгород — Северский — Севск — Елец — Мичуринск — Пугачев.
В результате оба управления фронтами ПВО стали более активными, а управление подчиненными войсками стало более оперативным.
В апреле 1944 года все дивизионные и корпусные районы ПВО были преобразованы в дивизии и корпуса ПВО с присвоением им определенных номеров, как и в других видах Вооруженных Сил, в то же время истребительные и зенитно-артиллерийские дивизии делились по родам войск ПВО.
Кроме того, в штаты фронтов и входившие в них штаты корпусов и дивизий ПВО вошли тыловые учреждения (склады, мастерские, госпитали, лазареты и т. д.). Словом, была создана самостоятельная система снабжения всеми видами довольствия.
Это мероприятие было полезным, так как соединения получили определенную самостоятельность и мобильность. Войска ПВО стали носить общепринятые организационные наименования (бригады, дивизии, корпуса) и имели структуры с определенным статусом и положением. Это упрощало отработку документов и их обращение.
В условиях успешного продвижения наших войск было необходимо наращивать систему ПВО, а для этого — разрабатывать общепринятые директивы и приказы, пользоваться едиными уставами Красной Армии. К примеру, отдать директиву на передислокацию, скажем, Рыбинско-Ярославскому корпусному району выглядело нелепо, так как район остается на бумаге, а маневр совершают войска, то есть полки, дивизии, корпуса, имеющие определенный штат и организационную структуру.
По мере продвижения советских войск территория Северного и Южного фронтов быстро расширялась на запад и юго-запад, поэтому часть дивизий и корпусов ПВО перебрасывалась из глубины страны и сюда, и за пределы Советского Союза.
Все это усложняло управление войсками ПВО страны и взаимодействие их с силами и средствами войсковой ПВО фронтов при проведении ими стратегических операций.
Назрела необходимость приведения структуры войск ПВО в соответствие с решаемыми задачами и условиями обстановки.