24 мая 1886 года его высокопреподобие протоиерея Павла Ивановича Чудецкого, жестокого ректора Тбилисской семинарии, заколол исключенный им ранее студент Иосеб Лагиашвили (Чудецкий только что отправил на два года в штрафной батальон студента Силибистро Джибладзе, избившего и чуть не сбросившего его с балкона). Правительство Дондукова-Корсакова сочло убийство типичным грузинским предательством, и на похоронах ректора экзарх Павел предал анафеме «круг и среду, породившие разбойника Лагиашвили»: из печатного текста эта фраза была исключена, но услышавшая ее публика толковала фразу как предание анафеме всего народа. (Самого Лагиашвили по молодости пощадили, но отправили на Сахалин каторжанином на двадцать лет; там он преподавал в школе и, сбежав на Пасху 1890 года, либо попал на американский корабль, либо пал жертвой товарищей.) Димитри Кипиани в открытом письме предложил «проклявшему» Грузию экзарху изгнать себя из «проклятой» им страны. Дондуков-Корсаков сослал Кипиани в Ставрополь, где в 1887 году его убили якобы грабители (а по мнению грузинской публики, агенты главноуправляющего). Похороны Кипиани 16 октября превратились в массовую антирусскую демонстрацию.
Получив заграничное образование и полностью разочаровавшись в русском чиновничестве, искушенные грузинские интеллигенты 1890-х годов читали Маркса и Прудона и видели в новом свете историю и экономику Грузии. Интеллигенция раскололась на два лагеря: первый, социал-демократический, отождествив себя с русскими социал-демократами, представлял себе будущую Грузию неотделимой от освобожденной России, где каждая народность будет самоопределяться; второй лагерь, социал-федералисты, искал для Грузии автономии в пределах конфедеративного с Россией Кавказского государства. Ни один из лагерей не требовал независимости Грузии, еще менее — восстановления Грузинского царства.
К 1890 году с открытием туннеля под Сурамским перевалом, Батуми и Баку связала железная дорога, ветви которой дали доступ к новым источникам угля и марганца. В Закавказье появился пролетариат: рабочие тбилисских железнодорожных мастерских, бакинских нефтяных месторождений, а также фабрик по производству металлических бочек в Батуми, принадлежащих Ротшильду. И вне Грузии — в Варшаве, Москве, Петербурге — возникли крупные грузинские землячества и студенческие союзы. В июле 1892 года студенты устроили в Кутаиси большой съезд, который учредил полутайное общество «Лига свободы Грузии», нацеленное на самоопредление всего Кавказа.
В отличие от европейских пролетариев, грузинские рабочие могли возвращаться во время забастовок или безработицы на свои крестьянские участки; кроме того, они были достаточно самостоятельными, чтобы обходиться без назиданий интеллигентов. Уже к концу 1870-х годов они успешно проводили забастовки на заводах, принадлежащих мощным иностранным компаниям. Грузинские интеллигенты свободно разъезжали по стране под прикрытием двух благотворительных обществ, Общество для распространения грамотности и Кавказский комитет по филлоксере. (Комитет по филлоксере был обязан своим возникновением Воронцову, ввозившему зараженные лозы из Крыма, так что в Грузии, как и во Франции, приходилось прививать местные виноградные лозы на американских филлоксероустойчивых подвоях.) Политические активисты появлялись во всех сферах — среди школьных преподавателей, фольклористов, ветеринаров; они учреждали союз портных и пивные, учились типографскому делу, или переводили политическую литературу — уже к 1887 году на грузинском языке печатали Карла Маркса.
В мае 1894 года Силибистро Джибладзе, отбыв наказание за избиение ректора семинарии, основал профессиональную марксистскую революционную группу, вскоре названную «третьей группой». Группа породила таких крупных вождей, как Ноэ Жордания, через двадцать с лишним лет президента независимой Грузии, и Пилипэ Махарадзе, идеолога большевистской Грузии. И Жордания, и Махарадзе получили образование в Польше и, вернувшись в Грузию, сотрудничали с крестьянином и фабричным рабочим Эвгени Ниношвили. В «третьей группе», однако, существовали разногласия: образованные за границей активисты были теоретиками и марксистами, батумские и гурийские рабочие — прагматиками и народниками. Среди них были сторонники подпольной организации, партийной дисциплины, макиавеллизма и насилия, например семинаристы Ладо Кецховели (в 1903 г. застреленный в метехской тюрьме) и Иосеб Джугашвили (впоследствии известный как Коба и Сталин). Правительству не удавалось хорошо следить за тайными подрывными группами: даже грузинская знать сочувствовала местным революционерам, а полицейские чиновники и жандармы плохо знали грузинский язык и охотно брали взятки.