Внешне самолеты Hs-129B-2 первых выпусков ничем не отличались от Hs-129B-l. По ходу серийного производства в конструкцию Hs-129В-2 вносились изменения, учитывавшие пожелания летчиков-фронтовиков. Начиная с самолета W.Nr. 0301 изменилась форма носовой части фюзеляжа. Самолет W.Nr. 0331 и машины более позднего выпуска оборудовались бензиновыми обогревателями кабины летчика, обогреватель располагался в носовой части фюзеляжа. Бросающимся в глаза внешним отличием самолетов, оборудованных печками, стала большая дыра воздухозаборника в носовой части фюзеляжа. Из-за установки обогревателя в сторону правого борта был смещен фотокинопулемет Rb-24.
Начиная с самолета W.Nr. 0351 некоторые Хеншели Hs-129 стали оснащаться оборудованием для буксировки десантных планеров DFS-230. Оборудование монтировалось в хвостовой части фюзеляжа.
Не удалось установить, начиная с какого самолета вместо длинных выхлопных патрубков двигателей стали монтироваться короткие. В ходе серийного производства изменилось крепление к фюзеляжу натяжной проволочной радиоантенны -вместо мачты, конец антенны стал крепится к небольшому изолятору, смонтированному в верхней части фюзеляжа. Часть машин была укомплектована радиополукомпасами, имевшими характерные круглые рамочные антенны. Зеркало заднего обзора на переплете фонаря кабины первоначально устанавливалось только на машинах, оснащенных буксировочным оборудованием, однако позже его стали монтировать почти на всех штурмовиках, в том числе силами техников и на машинах ранних выпусков. Посадочная фара под левой плоскостью крыла имелась только на самолетах ранних выпусков.
Первоначально воздухозаборник карбюратора, расположенный под двигателем был круглой формы, в ходе серийного производства его заменили воздухозаборником коробчатой формы с встроенным фильтром механических частиц.
Начиная с середины 1943 г. в люфтваффе ввели новую шестизначную систему заводской нумерации самолетов. За фирмой Хеншель были закреплены Werke Nummern серий 140000, 141000 и 162000, последняя серия - за Hs-129B-3.
К варианту Hs-129B-2 подходили все варианты вооружений «полевой модернизации», разработанные для Hs-129B-1, однако самолеты чаще всего применялся в качестве истребителя танков, поэтому в наибольшей мере были востребованы подвесные 30-мм пушки. В обозначениях самолетов, оснащенных комплектами Rustsatz, наблюдается известная путаница, тем не менее ниже приведены наиболее распространенные примеры: