На пароходе «Станкевич» («Красная звезда») отряд особого назначения под командованием члена Тобольского комитета РКП(б) Наума Пейселя отправился вниз по Иртышу устанавливать советскую власть в Демьянском, Самарово, Кондинском.
Однако вскоре эта работа речников была прервана из-за мятежа эвакуируемых по Транссибу вооружённых частей Чехословацкого корпуса, сформированного из военнопленных.
Воспользовавшись внезапностью, в конце мая 1918 г. белочехи захватили Новониколаевск, Мариинск, Тайгу и двинулись на Томск и Омск. Срочно встала задача эвакуации водным путем партийно-советского актива и малочисленных гарнизонов этих и других городов.
«В Томске для эвакуации подготовили двухпалубный пароход «Республика» с 35 пулемётами на борту и буксир «Ермак» с баржей, на которой установили две пушки. На суда были погружены запасы оружия, боеприпасов, продовольствия. 31 мая, на рассвете, после отбитой атаки юнкеров и офицеров, суда отчалили от Томской пристани. Их путь лежал до Тюмени – 2700 км. Рейс длился 10 суток с короткими остановками в Самуськах, Молчаново, Колпашево, Нарыме. Как вспоминает командир отряда и один из руководителей этой экспедиции венгр Ференц Мюнних, на телеграфе Нарыма был обнаружен циркуляр из Томска с приказом «задержать большевистскую флотилию под командованием высокого светловолосого лейтенанта» (т. е. Мюнниха). Посмеявшись, красноармейцы вывели из строя телеграф, и пошли далее до Тобольска. 10 июня пароходы и баржа прибыли в Тюмень и разгрузились. Для защитников Тюмени это была серьезная подмога.
Более драматичной и опасной была эвакуация из Омска. Ранее из этого города в Тару и Тюмень ушла значительная часть судов. На пароходе «Комета» туда же уплыла группа партийно-советских работников во главе с З.И. Лобковым, который вез документы и государственные деньги – 270 млн рублей. Когда стало ясно, что город не удержать, на готовые к отплытию пароходы «Андрей Первозванный», «Русь», «Тобольск» и «Ольга» погрузились около тысячи бойцов, члены Западно-Сибирского оперативного штаба Красной армии, а также руководители речников В. Карпов, А. Смокотин, Н. Глазунов, М. Бичел, А. Буй.
Комендантом флагманского парохода «Андрей Первозванный» был назначен Александр Николаевич Дианов – будущий руководитель Западно-Сибирского государственного пароходства. 7 июня пароходы уходили из Омска под пулемётным обстрелом ворвавшихся в город белогвардейцев. Вскоре к каравану присоединились пароход городской переправы «Николай», самый большой пассажирский пароход на Оби «Товарпар» и другие суда. Утром флотилия, насчитывающая 23 парохода, подошла к Таре, высадила десант и разбила хозяйничавший здесь отряд белых. В бою был убит лоцман парохода «Ольга» Мусин и ранен председатель «Судосоюза» М. Бичел.
В Тобольске флотилия пополнилась ещё 4 пароходами, а в Бачалино три небольших парохода с отрядом красноармейцев ушли к своим вверх по Тавде и Сосьве в район Богославских горных заводов. Остальные суда благополучно прибыли в Тюмень. В результате была успешно осуществлена эвакуация партийно-советского актива Омска и переброска в Тюмень около тысячи бойцов, а часть омского флота была спасена от неминуемого захвата. Но на этом испытания речников не закончились. К середине июля военная обстановка вокруг Тюмени ухудшилась и основные силы его защитников было решено отвести в состав формируемого Северо-Урало-Сибирского фронта. В том же направлении – вверх до Туринска – решили эвакуировать и флот: около 50 пароходов и свыше 70 барж. Эта операция была возложена на созданную ранее Тюменскую речную военную флотилию и её командира Павла Даниловича Хохрякова. 20 июля, в пять утра, флотилия с двумя тысячами красных бойцов Тюмени, Томска, Омска и других мест покинули город. В этот же день ушел на запад последний военный эшелон, а вечером сюда вступили белогвардейцы и чехи.
Первый бой белой и красной флотилий на реке Тобол состоялся 26 июня 1918 г. у села Бачелино. Под командованием Хохрякова было пять пароходов, два орудия, три бомбомета, 42 пулемёта и 700 красноармейцев. Белая флотилия состояла из трёх пароходов, захваченных, вместе с интернационалистами бывшего корнета австро-венгерской армии Кароя Лигетти, офицерским отрядом штабс-капитана Казагранди 12 июня у села Каркатеево между Омском и Тарой.
Участник этого сражения вспоминал: «Незадолго до заката солнца вниз по реке мы заметили дымы приближающихся пароходов. Вскоре из-за поворота показался пароход, потом другой, третий, и, наконец, вся ширина реки была занята идущими полным ходом судами самых разнообразных типов и величин. Зрелище было грандиозное… Как Давид против Голиафа вышла «Мария» с 57‐миллиметровой пушкой и двумя пулемётами навстречу этой дымящей и несущейся на нас армаде.
Подпустив головной пароход версты на полторы, мы выстрелили ему под нос. Все напряженно всматривались вперед, ожидая ответного залпа. После нескольких мучительных минут ожидания армада вдруг сбавила ход, и лишь один передовой корабль продолжал идти навстречу. Его остановил наш второй выстрел».