В середине XVI в. через Ярославль пролегли пути, связывающие Москву с Белым морем и Западной Европой и север со странами Востока; здесь же прошла дорога в Западную Сибирь. Ярославль стал крупнейшим центром внутренней и международной торговли. Здесь, обычно не заезжая в Москву, начинали путешествие в восточные страны агенты Лондонско-Московской компании. В XVI в. в городе появились английская, а затем голландская и немецкая фактории. К 1630 г. в Ярославле было 29 дворов «голландских торговых немец и разных земель иноземцев». Отсюда с крупнейших в стране судостроительных верфей спускались на воду многочисленные суда, большими караванами отправлявшиеся вниз по Волге. Многие изделия ярославских ремесленников пользовались большим спросом за границей.
Во второй половине XVI в. неизмеримо вырос ярославский посад. Город окружили тесным кольцом многолюдные слободы. Наиболее зажиточная верхушка «лучших» посадских людей постепенно приобрела здесь огромную власть. Разбогатевшие торговые люди начали выступать как заказчики разнообразной церковной утвари, а затем и церквей. Но выстроенные из дерева все посадские храмы XVI в. бесследно исчезли при последующем бурном развитии города. Сохранилось лишь несколько икон XVI в. из древнейших посадских деревянных церквей Благовещения (стоявшей на месте церкви Николы Надеина), Никиты-мученика, Спаса на Городу, Николы Мокрого и некоторых других. В этих произведениях виден уже сложившийся определенный стиль, характерный для творчества местных художников, тесно связанных с посадом. Общие черты современного им искусства переплетаются в этих иконах с традициями, восходящими к XIV в. Изображения на них несколько провинциальны и порой трогательно наивны; пропорции фигур приземисты. Народный вкус сказался в обилии сочетаний контрастных, ярких красного и зеленого, тонов, иногда дополненных светло-желтым. Характерным памятником этого времени является икона «Иоанн Предтеча крылатый в пустыне, в житии», с двадцатью красочными клеймами (илл. 20; Ярославский музей). Стоящий в центре иконы Иоанн Предтеча держит свиток и чашу с «усекновенной» главой. Взметнувшиеся крылья, беспокойные складки одежды, дробные линии пейзажа создают впечатление общей напряженности. Еще более бурным, стремительным движением наполнены сцены в клеймах: убийство Захарии, бегство Елизаветы от преследований воинов, крещение народа. Подробно и выразительно иллюстрирован пир царя Ирода. Ярко горящая киноварь особенно интенсивно вспыхивает рядом с основными темно-зелеными тонами иконы.
От второй половины XVI — начала XVII в. сохранилось значительное число икон работы местных художников, продолжавших древние традиции. В отдельных случаях архаичные черты удержались в ярославской станковой живописи вплоть до середины XVII в. Такова, например, икона «Богоматерь Толгская» 165,5 г. с подробным изображением в клеймах истории строительства Толгского монастыря, имеющим большое значение для изучения форм древнерусской архитектуры.
В начале XVII в. богатое ярославское купечество, терпевшее большие убытки из-за всеобщего разорения в связи с польско-литовской интервенцией, активно включилось в борьбу за быстрейшее прекращение смуты.