Традиционные сюжеты на евангельские темы размещены на сводах и в алтаре центрального храма. Фигура Пантократора и отдельные композиции на сводах близки росписям Спасо-Преображенского собора. На столбах два ряда монументальных статичных фигур в богатых одеждах представляют Константина и Елену и русских князей и царей.
На стенах центрального храма, над орнаментальным поясом, испорченным малярной записью, расположены четыре яруса композиций на темы жития Николая Чудотворца. Четко ограниченные прямоугольными рамками, они напоминают миниатюры или клейма икон. Немногочисленные детали и еще очень условный пейзаж не заслоняют от зрителя основной стержень рассказа. Но уже чувствуется стремление к занимательности, жанровым подробностям, которые станут столь характерными в последующих ярославских росписях. Значительная часть «чудес» Николы связан а с помощью бедным. В образе купца с мешком золота в руках он одаривает за добро, освобождает невинно наказанных, спасает от голода. В цикл жития Николы художники включили сюжеты и чисто русского происхождения: в нижнем ярусе северной стены они иллюстрируют киевскую легенду о спасении младенца, утонувшего в Днепре, рассказ летописей о спасении от огня икон в городе Ругодиве (Нарве) и встрече их в Москве в 1558 г. В первом и третьем ярусах росписей центрального храма помещена композиция «Никола возвращает зрение царю Стефану», отражающая действительное событие ослепления сербского царя Стефана в XIV в. Одна из них, раскрытая от записей, приоткрывает нам истинный колорит древней росписи с ее звонким голубцом и теплыми охристыми и киноварными тонами.
Необычайно подробная разработка темы жития Николы объясняется особой популярностью культа Николы-чудотворца — покровителя купцов и путешественников в торгово-ремесленном Ярославле. Недаром в XVII — начале XVIII в. его имени было посвящено здесь по крайней мере семь посадских церквей. Образ этого святого-простолюдина был близок Светешникову и другим богачам, не раз помогавшим царю и патриарху, но вынужденным никогда не забывать о своем «низком» происхождении.
В северо-западном углу паперти Благовещенского придела особый интерес вызывает цикл «О юноше, нашедшем злато». В пятнадцати картинах живо рассказано о лживых и алчных монахах, утопивших юношу, показавшего им клад. В композиции «Видение Иоанна Лествичника», встречающей зрителя справа у входа на северную паперть, изображены монахи, старающиеся пробраться в рай, куда их не пускают черти. В 1640-х гг. в Ярославле обе эти легенды, разоблачающие пороки монашества, были особенно злободневны в связи с обострившейся борьбой посада со Спасским монастырем. Характерно, что эти сюжеты помещены в той части здания, где заказчик росписи Светешников чувствовал себя полновластным хозяином.
В главном алтаре висит большая деревянная «сень» 1636 г. Формы церковного шатра с главкой приобрели здесь в руках художников фантастический облик. Отдельные части сеней украшены причудливым орнаментом из ягод, дубовых веток, раковин, виноградных лоз, рельефно выделяющихся на ярко-красном и синем фонах, поверхность которых выложена слюдой. Это самый ранний образец подобного рода сложных сооружений, которыми славились ярославские мастера-резчики XVII в.
В 1751 г. по рисункам основателя русского национального театра Ф. Г. Волкова, в молодости бывшего прихожанином этой церкви, сделан прекрасный резной барочный иконостас, в настоящее время являющийся ценнейшим экспонатом памятника-музея. В иконостасе находится древняя икона «Никола в житии» XVI в., расчистка двух клейм которой показала прекрасную сохранность ее первоначального яркого и звучного колорита.
В 1630-е гг. на ярославском посаде появились новые каменные храмы. Почти одновременно с несохранившейся церковью Леонтия Ростовского 1635 г. была заложена и церковь Рождества Христова на Волге (Малая Февральская ул., д. 1). Ее первыми заказчиками были посадские люди Дружина и Гурий Назарьевы, видные участники народных ополчений 1608 и 1612 гг.
Основой композиции этого памятника стал массивный четырехстолпный куб на подклете с открытой галереей, северной папертью и двумя приделами. Такое объемное решение, так же как и конструкция ступенчато-повышенных сводов перекрытия четверика с его ложными закомарами и завершающим пятиглавием и многие детали убранства фасадов первого периода строительства следуют формам соседней Николо-Надеинской церкви. Это повторение старого образца, очевидно, объясняется тем огромным эмоциональным воздействием, которое оказывал на ярославцев их первый каменйый посадский храм.