Даже польские воеводы дивились смелости Иринарха и его уверенности в победе его соотечественников. Так, жестокий польский воевода, убивший многих русских монахов Микулинский, устроивший чуть ли не допрос Иринарху, был поражен его смелостью и отсутствием у него страха смерти. Он побоялся трогать этого монаха-затворника. Также беседовал с Иринархом польский воевода Ян Сапега, который в 1610 г. подивился его бесстрашию. Иринарх предсказал Сапеге гибель в России, если он не уйдет назад в Польшу (Сапега действительно был убит под Москвой). После разговора с Иринархом Сапега запретил полякам тревожить обитель, где жил старец, которого он назвал самым крепким и безбоязненным монахом из всех иноков, что он знал. Сапега подарил старцу деньги на свечи для монастыря и вручил знамя. Это было не военное знамя, а простая хоругвь, которую захватили войска Сапеги в каком-то разоренном ими монастыре. Эту хоругвь назвали «Охранное знамя Сапеги» (оно хранилось в Борисоглебском монастыре более 300 лет, в 1934 г. его передали Третьяковской галерее как уникальный памятник древнерусского шитья конца XVI–XVII вв.). Когда в 1612 г. Пожарский и Минин собрали ополчение, но остановились в Ярославле, не решаясь идти освобождать Москву от поляков, Иринарх прислал им – вождям ополчения – свое благословление и просфору (также это сделал в 1380 г. Сергий Радонежский для великого Московского князя Дмитрия Ивановича – будущего Донского и его войска перед боем с ордынцами на поле Куликовом). После благословления и дара Иринарха русские войска без страха направились к Москве. По дороге к занятой поляками столице Пожарский и Минин заехали в Борисоглебский монастырь, чтобы лично у старца получить благословление на трудные, но нужные воинские подвиги, дела во благо Отечества и Православия. Национальные герои России князь Д.М. Пожарский и староста К.М. Минин всю жизнь особо благоволили к ростовскому Борисоглебскому монастырю. Как считали многие, судьбоносная миссия Пожарского и Минина оказалась успешной благодаря Промыслу Божьему, их поддержке и благословению на добрые дела во славу Отечества от старца-затворника Борисоглебского монастыря Иринарха, которого они всю свою жизнь особо почитали, как и ростовский монастырь, где он подвизался. Иринарх умер и был похоронен в Борисоглебском монастыре, в котором почивают под спудом его мощи и хранятся его тяжелые вериги. В 40 км от села Борисоглеб, около села Кондакова, родины Иринарха, бьет источник преподобного Иринарха Затворника.
В царский период Борисоглебский монастырь стабильно относился к числу особо почитаемых обителей, был он долго и очень богат, но, правда, только до 1764 г., когда его перевели во 2-й класс. Особое положение Борисоглебского монастыря объяснялась тем, что царский род Рюриковичей был связан с родом святых князей Бориса и Глеба кровными родственными узами, Рюриковичи считали этот монастырь своим и щедро благодетельствовали ему. Отдававшие дань уважения Рюриковичам представители новой царской династии Романовых с начала своего царствования более 150 лет подчеркнуто почтительно относились к Борисоглебскому монастырю. А вот новая императрица Екатерина II Алексеевна (Великая, 1729–1796, царствовала единолично с 1762) – немка, незаконно, путем дворцового переворота 1762 г. занявшая императорский трон, всего этого сполна не понимала, неудивительно, что именно при ней Борисоглебский монастырь перевели из высшего во 2-й класс. Екатерина II приезжала в Ростов для участия в перенесении мощей Дмитрия Ростовского. Она посетила тогда и Борисоглебский монастырь, что добрым для него не кончилось. Она отобрала у монастыря почти все земли в пользу своего фаворита графа Г.Г. Орлова (1734–1783), сопровождавшего ее в этой поездке. В 1767 г. Г.Г. Орлова ввели во владение монастырскими землями, но они радости и счастья ему не принесли (императрица со временем нашла ему замену, его молодая и любимая жена быстро умерла, детей у них не было). Затем эти земли перешли к его брату, потом в род графов Паниных, последняя их владелица продала их в рассрочку на 10 лет Борисоглебским крестьянам в 1910 г., но деньги из-за революционных событий 1917 г. сполна не получила. Из-за действий Екатерины II у Борисоглебского монастыря осталось мало земли. После 1764 г. из-за недостатка средств монастырь постепенно стал приходить в упадок.
Вскоре после 1917 г. монастырь закрыли, его ценности представители новой власти конфисковали и вывезли. В 1924 г. монастырские постройки передали Ростовскому государственному музею, который из-за недостатка финансовых средств не мог обеспечивать их должную сохранность. Но в 1995 г. Борисоглебский монастырь был возвращен Церкви, в нем начались необходимые ремонтно-реставрационные работы, в них особенно нуждаются монастырские постройки XVI–XVII вв. Но пока монахов в обители мало: немногим более пяти человек братии.