Этот монастырь по-особому любил и выделял царь Иван Грозный, который знал, что в нем хранится жезл апостола Иоанна Богослова. Когда Иван Грозный отправился завоевывать Казанское ханство, он заехал в этот монастырь и взял жезл апостола Иоанна Богослова, надеясь на помощь святых в его военном походе. Столицу ханства Казань он завоевал в 1552 г., а в 1553–1554 гг. построил в этом монастыре собор Богоявления в благодарность святым за помощь в покорении Казанского ханства. Предполагается, что собор построил зодчий Андрей Нагой. Затем для монастыря начались тяжелые времена. После Смутного времени (начало XVII в.) он был почти разорен. Оживление монастырской жизни началось в середине XVII в., когда архимандритом обители стал Иона (будущий митрополит Иона Сысоевич), который построил здесь каменную Введенскую (1650) и надвратную Никольскую церкви (конец XVII в.) и под церковью Введения похоронил своего отца Сысоя. Ансамбль Авраамиева монастыря в основном был создан в XVI–XIX вв. В советский период монастырь закрыли и устроили в нем вытрезвитель.
В наши дни наметилось духовное и архитектурно-художественное возрождение Богоявленского Авраамиева мужского монастыря. На его территории сохранился старейшим храм Ростова – Богоявленский собор, а также Введенская церковь и надвратная церковь во имя святителя Николая.
Особенно тесную историческую и духовную связь имеет Богоявленский Авраамиев монастырь с расположенной в 2 км от Ростова Великого, у поселка Богослов, церковью Иоанна Богослова на Ишне
. Эта церковь построена у старинной переправы (которую здесь держал в давние времена Авраамиев монастырь) через р. Ишню, на том самом месте, где отшельнику Авраамию явился апостол Иоанн Богослов. Деревянную церковь возвели в 1687–1689 гг., она – самая древняя деревянная церковь в Ярославской области, ее колокольню построили в XIX в. Эта церковь была построена как памятник, служба в ней проводилась очень редко, иногда один раз в год. От древнего интерьера этой церкви мало что сохранилось, а ее Царские врата перевезли в ростовский музей. Эту небольшую, обшитую тесом и окрашенную в темно-красный цвет церковь замечают все, ведь она расположена недалеко от трассы Московского шоссе. Не каждый догадается, что она только со временем была обшита тесом, утрачена ее южная галерея, пристроена колокольня. Хотя церковь за более чем три века (323 года в 2010 г.) претерпела изменения в своем облике, она радует взор, производит неизгладимое впечатление своей незамысловатой, но безусловной красотой, мастерским выбором места для ее строительства, ее великолепным единством с природным ландшафтом и даже акцентированием его неброской, но несомненной прелести.Теперь мало кто помнит, что был в Ростове с XIII в. в центральной его части (к югу от вечевой площади с Успенским собором, в западной части княжеского двора, совсем рядом с княжьим двором) Григорьевский монастырь
с прославленным на всю Древнюю Русь Григорьевским затвором – школой. Для проведения православных богослужений нужны книги, потребность в грамотных людях быстро росла. На первых порах школы открывались исключительно при монастырях. В Ростове такой школой стал Григорьевский затвор, где была собрана богатая библиотека, изучали языки, велась летопись, во время богослужений песнопения исполнялись на славянском и греческих языках. В Григорьевском затворе учились ставшие со временем авторитетными церковными деятелями и святыми: Сергий Радонежский (умер в 1392), Стефан Пермский (жил здесь в затворе 10 лет, затем ушел к зырянам в Пермские земли, составил для них азбуку, почитается как просветитель коми-пермятского народа; умер в 1396), Епифаний Премудрый (основатель «житийной» литературы, написал жития Сергия Радонежского и Стефана Пермского; умер в 1420) и др. При раскопках 1956 г. вблизи Григорьевского монастыря обнаружили бортовое ребро (шпангоут) сравнительно большого судна, что свидетельствовало о былом водном пути, связывавшем Ростов с Волгой, и подтверждало исключительность местонахождения Григорьевского монастыря.В наши дни о Григорьевском затворе зримо напоминает церковь Григория Богослова (1670), построенная на месте старого храма – собственно этого затвора. Храм этот сильно пострадал от пожара 1730 г., был восстановлен в середине XVIII в., но тогда каменный иконостас заменили деревянным, стенную живопись замазали и сделали вместо нее лепные украшения. В 1884 г. церковь снова реставрировали.