В период прекращения огня Израиль столкнулся с внутренним конфликтом. 26 мая 1948 г. глава Временного правительства Давид Бен-Гурион подписал приказ о создании национальных вооруженных сил – Армии обороны Израиля (ЦАХАЛ). Отныне запрещались любые военизированные формирования, в том числе «Иргун» и «Лехи». 20 июня к берегу у еврейского поселения Кфар-Виткин причалила «Альталена» – корабль из Франции с рекрутами, оружием и боеприпасами для «Иргун». Менахем Бегин не захотел разоружаться, и Бен-Гурион воспринял его демарш как попытку создать «армию внутри армии» (по другой версии, премьер-министр решил ликвидировать непокорную группировку, дабы предотвратить переворот). В тот миг Израиль балансировал на грани гражданской войны. Бегин, над которым нависла угроза ареста, увел судно в порт Тель-Авива, где собрались члены «Иргун». Между ними и солдатами ЦАХАЛ вспыхнул бой, «Альталена» была расстреляна и затонула, большинство ее пассажиров спаслись. Государство победило. 28 июня Бегин с товарищами присягнули Израилю на верность, и «Иргун» официально прекратил существование как независимая организация. «Лехи» добровольно присоединилась к Армии обороны Израиля еще 29 мая, но некоторые боевики продолжали террористическую деятельность и вскоре совершили очередное преступление.
Соглашение о прекращении огня, заключенное при посредничестве ООН 11 июня 1948 г., не определило статус Иерусалима. Евреи отвергали интернационализацию города еще до войны, а в разгар ее и вовсе не желали слышать подобные предложения. Это не помешало посреднику ООН, графу Фольке Бернадоту – члену королевской династии Швеции и крестному отцу нынешнего монарха Карла XVI Густава – разработать собственный план урегулирования арабо-израильского конфликта. Дипломат призвал отдать Иерусалим Трансиордании – и эта идея не понравилась никому, кроме Абдаллы I. Евреи негодовали, но, кроме них, запротестовали Сирия, Египет и Саудовская Аравия, глубоко оскорбленные тем, что Трансиордания может получить столь щедрый подарок.
9 июля боевые действия возобновились на 10 дней, пока Бернадот опять не договорился о прекращении огня. Незадолго до того, как второе соглашение вступило в силу 18 июля, отгремели одни из самых тяжелых сражений за всю войну – особенно на Южном фронте, возле Беэр-Шевы и Газы.
10 июля в Иерусалиме впервые прозвучали сирены воздушной тревоги – египетский «Spitfire» сбросил бомбы на Новый город. Арабский легион дважды атаковал Западный Иерусалим, но был отброшен.
В ночь на 17 июля израильтяне безуспешно штурмовали Старый город, надеясь отбить его у трансиорданцев. Иерусалим по-прежнему делился на арабский и еврейский сектор, и положение не менялось в течение следующих 19 лет.
2 августа 1948 г. временное правительство Израиля заявило, что, поскольку ООН не удалось создать необходимую юридическую базу, то Западный Иерусалим будет управляться израильским военным губернатором Довом Йосефом (товарищем Бен-Гуриона). Бернадот обнародовал отредактированный план, в котором предложил превратить Иерусалим в демилитаризованный город под международным контролем ООН. Израильские власти моментально отказались, а члены «Лехи» взяли дело в свои руки.
17 сентября 1948 г. террористы расстреляли дипломата и сопровождавшего его французского офицера Андре Серо в Иерусалиме. Обе жертвы и их телохранители не имели при себе оружия (Бернадоту нравился пацифистический образ). Причастность «Лехи» к расправе была секретом Полишинеля, имя убийцы Иегошуа Коэна тоже не являлось тайной, но израильтяне не поймали ни его, ни других преступников. Инициатива Бернадота умерла вместе с ним. Бен-Гурион же воспользовался убийством шведского аристократа для того, чтобы окончательно задушить «Иргун» и «Лехи». Первая организация распустила свой иерусалимский батальон, а базы второй были заняты ЦАХАЛ.