Около 1555 г. риск встретиться в море с кораблем противника вырос настолько, что каждый конвой теперь сопровождали четыре нао или галеона. На протяжении следующего столетия и в более позднее время ежегодно проводились два конвоя из Севильи, Один конвой шел к карибскому побережью Южной Америки (Tierra Firme), другой шел в Новую Испанию (нынешняя Мексика). Как правило, флот в Новую Испанию покидал Севи лью в апреле, а флот в Южную Америку уходил в августе. Оба конвоя проходили в юго-западном направлении на Канарские острова, а затем шли к южной части Наветренных островов. Собрав мексиканское серебро, специи, фарфор и другие товары, конвой из Новой Испании зимовал в Вера-Круз, а на следующее лето уходил в Гаванну. Южноамериканский конвой зимовал в Картахене, погрузив на борт годовую продукцию серебряных рудников Порто-Белло. Летом конвой также уходил на Гавану, а затем шел через Атлантику. Обычно, но не всегда, оба конвоя возвращались самостоятельно, прибывая в Севилью в октябре-ноябре, после того, как в Новый Свет ушли оба конвоя нового года. Испания сильно зависела от ежегодного подвоза золота, серебра и драгоценностей из Нового Света, которые шли на финансирование европейских кампаний.
Галеоны, сопровождавшие конвои, не всегда следовали по одному с конвоем маршруту. Галеоны сопровождения (Armada de la Guardia) обычно покидали конвой, когда он достигал Карибского моря, и уходили в Гавану, присоединяясь к возвращавшимся конвоям предыдущего года. Это значит, что галеоны не зимовали в американских водах. Позднее все корабли конвоя стали называться галеонами. В XVII в. наиболее мощное прикрытие получал южноамериканский конвой, считавшийся более ценным.
Галеоны, формировавшие Armada de la Guardia, обычно выделялись из состава основного испанского флота, который с 1580 года назывался Armada del Mar Осеапо (Атлантический флот). Основной ударной силой атлантического флота была португальская эскадра. На переломе XVI–XV1I вв. испанский океанский флот почти непрерывно вел боевые действия. Кроме португальской эскадры, в составе флота входили еще три или больше эскадр, базировавшихся в Севилье и Кадисе, Ла-Корунье и Сантандере, а также в Лиссабоне. Флот включал в свой состав как королевские корабли, так и корабли, взятые короной в наем. Хотя число галеонов в составе эскадры было невелико, они составляли ее главную ударную силу. Например, в ходе кампании 1588 года Непобедимая Армада насчитывала более 120 кораблей, из которых только 20 были галеонами (остальные нао, вооруженные торговые суда, галеасы и прочие типы кораблей). Хотя число галеонов росло на протяжении первой половины XVII в., в составе флота по-прежнему было много кораблей других типов. Испанские галеоны действовали небольшими группами, сопровождая карибские конвой (а позднее и самостоятельно перевозя ценности), а также защищая интересы Испании в ее территориальных водах. Кроме того, иногда из состава флота выделялась эскадра галеонов (galiflota), которую отправляли к берегам Америки, для решения особых задач. Так происходило в 1625, а также в 1629/30 гг. Галеон, будучи многоцелевым боевым кораблем, выступал как основной инструмент военного давления в пользу испанской короны, а также как защитник морской испанской империи.