Главным офицером на галеоне был капитан (capitan). На протяжении XVI–XVII вв. встречались два разных типа капитанов. Морской капитан (capitan de mar) был профессиональным моряком, но не имел власти над солдатами, находящимися на борту. Но такие капитаны встречались не часто. Обычно первым офицером на корабле был солдатский капитан (capitan de guerra), который не имел понятия об управлении кораблем, поэтому пользовался услугами мастера- судоводителя (об этой должности будет рассказано ниже). Если в других странах на кораблях действовал принцип единоначалия, то испанцы продолжали практиковать разделение власти вплоть до конца XVII века. Встречались также универсальные капитаны (capitan de mar у guerra), имевшие опыт как морских, гак и сухопутных операций. Но, как уже было сказано, чаще всего кораблем командовал сухопутный командир, действия которого носили скорее бюрократический, нежели практический характер.
Мастер (maestre) был фактическим хозяином на корабле, решая все практические задачи, оставляя административные задачи капитану. Хуан Эскаланте описывал идеального мастера такими словами: «опытный моряк… имеющий хорошую репутацию и пользующийся доверием». Эскаланте сравнивал мастера на корабле с пчелиной королевой в улье. В отличие от других офицеров, назначавшихся только на время плавания, мастер обычно постоянно служил на одном и том же корабле. Мастер отвечал за навигацию, следил за состоянием припасов, контролировал состояние древесины корабля. На протяжении XVII в. роль мастера принимала все более административный характер, а практические вопросы переходили в ведение первого лейтенанта (alferez de mar). Следующим в иерархической лестнице стоял штурман (piloto), отвечавший за навигацию. В составе эскадры один из штурманов считался главным (piloto mayor). Главный штурман определял курс всей эскадры, Штурманов не следует путать с лоцманами, которые поднимались на борт корабля, чтобы провести его в прибрежных водах. Например, лоцманы водили корабли по Гвадалквивиру от Севильи до моря. За штурманом шел боцман (contramaestre). Боцман был первым помощником мастера, в круг его обязан ностей входило следить за ходом погрузки товаров на корабль, за состоянием парусов и такелажа, а также он обеспечивал плавность хода корабля. Боцману помогал боцманмат (guardian), который дополнительно следил за пожарной безопасностью, контролируя источники открытого огня на борту (камбуз, свечи, лампы). Другим помощником боцмана был главный стюард (despensero), следивший за хранением и расходом запасов провианта — пищи, вина и воды. Он же определял размеры рациона в случае нехватки продовольствия. Из матросов назначался alguacil de agua — помощник стюарда, отвечавший за раздачу воды. Обязанности мастера-канонира (codestable) описаны ниже.
Кроме упомянутых офицеров в состав экипажа входило несколько внештатных чиновников, которые не участвовали в управлении кораблем. На серебряных галеонах (galeones de la plata), занимавшихся перевозкой серебра из Америки, присутствовал казначей (maestre de plata), назначенный Casa Contratacion — ведомством, занимавшемся сбором налогов с доходов, полученных в Америке. Казначей регистрировал все ценности, погруженные на борт, независимо от того, государственные или частные они были, и собирал соответствующий налог. Казначею помогали писари (fiadores). Если казначей находился на флагманском корабле, то его писари распределялись между остальными кораблями эскадры. Другим чиновником на борту флагмана был инспектор (veedor), который следил за тем, чтобы на кораблях эскадры соблюдались финансовые интересы короля. На каждом галеоне присутствовал нотариус (escribano), который отмечал все перемещения грузов на борту. Наконец, на борту каждого галеона присутствовали капеллан (capellan) и судовой врач (cirjano).