Организация эскадры, а также организация на борту корабля была в высшей степени регламентирована. Независимо от того, предназначалась ли эскадра для похода в Новый Свет, или перед ней ставилась задача действовать в качестве отдельной боевой группы, во главе эскадры неизменно стоял капитан- генерал (capitan-general), назначавшийся королем. Хотя испанцы называли такой отряд кораблей флотом (flota), правильнее было бы его именовать эскадрой. Численность эскадры галеонов редко когда превышала дюжину вымпелов, не считая числа сопровождаемых торговых судов. В своей книге «Itinerario» (1575) Хуан Эскаланте описывает идеального капитан-генерала так: «это хороший человек, происходящий из уважаемого и родовитого семейства, коренной житель Севильи, добрый католик и опытный моряк… среднего возраста, не слишком старый, но и не слишком молодой». Удивительно, но большинство капитан-генералов вполне удовлетворяли этому описанию. Такие люди как Дон Фадрике де Толедо-и-Осорио, Дон Хуан де Бенабидес и Фанциско де Мендоса были выходцами из среды испанской аристократии, военных рыцарских орденов и испанской военной бюрократии, Опытные придворные интриганы, дипломаты, солдаты и моряки, эти командиры несли колоссальную ответственность, но с готовностью принимали вызов. Капитан-генерал размещался на флагмане эскадры (capitana) вместе со своим небольшим штабом, состоявшем из королевских чиновников и приближенных капитан-генерала. Вторым лицом в эскадре был адмирал (almirante), назначавшийся капитан-генералом. Он отвечал за мореходность эскадры, поддержание походного и боевого строя, а также за все аспекты боеготовности. Таким образом, адмирал был более моряком, нежели солдатом. Традиционно, корабль адмирала (almiranta) замыкал строй эскадры, или располагался на противоположном от капитан-генерала фланге.