Основным изменением на протяжении времени был размер галеона. К 1570 г. водоизмещение среднего галеона превысило 500 тонн, а ко времени создания Непобедимой Армады в 1588 г. в составе испанского флота имелись три галеона водоизмещением около 1000 испанских тонн и восемь — водоизмещением около 800 тонн. После катастрофы 1588 г. в Испании провели переоценку гигантских кораблей, после чего водоизмещение среднего галеона уменьшилось до 500 тонн и оставалось таковым вплоть до конца «эры галеонов», то есть до середины XVII века. Одновременно изменилась структура доходов, поступающих в Испанию из Нового Света. Ценности теперь перевозили государственные корабли, доля частных купцов сократилась. Это давало возможность правительственным чиновником полнее контролировать ценности, доставляемые из Америки. Когда на трон взошел король Филипп III (период правления 1598–1621), то первым делом новый король запретил частным кораблям перевозить ценности под страхом тюремного заключения и крупного штрафа. Таким образом, казна получала 20 % от всех ценностей, добытых в Америке, а также 20 % от всех частных богатств, доставленных в Испанию. Так как король монополизировал трансатлантическое судоходство, оно превратилось в настоящее золотое дно для казны. Кроме жемчуга и изумрудов, груз конвоев на 80 % составляло серебро и на 20 % золото. Серебро транспортировалось в виде слитков, пятая часть серебра доставлялась в виде монет. Золотые монеты в Америке начали чеканить только в 1622 году, поэтому галеоны возили только золотые слитки. Все эти богатства перевозились в трюмах королевских галеонов. Галеоны, предназначенные для транспортировки сокровищ, обычно были меньше размером и слабее вооружены по сравнению с теми, что патрулировали воды в Европе. Увеличить полезную нагрузку за счет вооружения стало возможным также благодаря тому, что в период с 1595 по 1620 г. в водах Испанской Америки царило относительное спокойствие.
Тем временем в Англии появились скоростные галеоны, имевшие более прилизанные обводы. Испанцы постепенно осваивали новинки европейского кораблестроения. К началу XVII в. в Европе наметилась тенденция к уменьшению размеров юта, но испанцы продолжали строить корабли с гигантскими ютами вплоть до 1630-х гг., и даже еще позже. Частично, это было связано с тем, что на испанских кораблях часто присутствовали отряды пехоты. Великолепные рисунки середины XVII в. свидетельствуют о том, что испанские галеоны оставались практически теми же, что и прежде, тогда как голландские и английские галеоны постепенно развивались в новый тип кораблей — линейные корабли. Лишь в 1648 году испанские корабелы начали копировать североевропейский дизайн, что ознаменовало конец эры галеонов.
Кораблестроение