Внутри корабля настилали несколько палуб, укладываемых на кницы. Трюм (bodega) находился между настилом над килем и нижней палубой (primera cubierta). При необходимости организовывались антресоли. Степс мачты представлял собой опорную конструкцию, удерживающую мачту. Затем укладывались палубы и внешний слой обшивки. Для крепления досок настилов использовались как деревянные нагели, так и железные гвозди. Гвозди забивались быстрее, но были менее надежны. Поэтому лучшие корпуса собирались с использованием и нагелей, и гвоздей, что обеспечивало как гибкость, так и продольную жесткость. На галеоне «Nucstra Senora de Atocha», построенном в Гаванне, подрядчик использовал только гвозди, чтобы ускорить работу и сэкономить деньги. В результате корпус галеона вышел чрезмерно жестким. Последовала судебная «яжба, которая продолжалась вплоть до 1622 года, когда галеон попал в ураган и утонул.
Толщина обшивки борта увеличивалась в направлении от планшира к килю. Обшивку корпуса конопатили пенькой, стараясь придать корпусу максимально возможную водонепроницаемость. Проконопаченные швы для надежности заливались смолой. В бассейне Карибского моря особенно большую проблему представляли древоточцы и другие паразиты. Для защиты от них подводную часть корпуса обшивали свинцовыми листами, укладываемыми на слой просмоленной парусины. Наконец, нижнюю часть борта покрывали слоем смеси из смолы и животного жира. Затем устанавливали мачты, а мастера-такелажники устанавливали километры такелажа. Последней деталью было рулевое перо, подвешиваемое на вертикальной оси к ахтерштевню. В отличие от поздних кораблей, на галеонах руль приводился в движение с помощью румпеля (сапа), выводимого на верхнюю палубу, где находился мосгик (puente). После установки такелажа, внутренних переборок, трапов и кабестанов, а также поднятия рангоутного дерева, галеон считался готовым. Строительство галеона обычно занимало два года.
Кораблестроители получали плату за свою работу в три или четыре транша. Чаще всего выплаты производились во время подписания контракта, после завершения строительства каркаса, а также по завершению работ. Огромное количество судебных дел, лежащих в архивах, свидетельствует о том, что получить деньги за работу было непростым делом. Королевские чиновники следили за каждой фазой работ и проверяли все детали корабля на предмет соответствия их королевским указам. Разумеется, здесь было где разгуляться коррупции, поэтому король и первые чиновники время от времени лично проводили аудит, удостоверяясь в том, что принимаемые корабли полностью удовлетворяют предъявляемым к ним требованиям. Во время работ подрядчик за свой счет приобретал необходимые материалы и оплачивал работу мастеров, получая позднее полную компенсацию от казны. Но в целом кораблестроитель не оставался в накладе, особенно после принятия специальной программы поощрения, о которой мы уже говорили выше.