Корона получала готовый корабль и дальше самостоятельно доукомплектовывала корабль всем тем, что не определялось в контракте. В числе прочего государство оснащало корабль артиллерией, навигационными инструментами, фонарями, шлюпкой (которую обычно буксировали за кормой, или держали подвешенной на шкафуте), а также множеством друг их деталей. Наконец, галеон украшался. Обычно на плоской корме изображался святой, в честь которого был назван корабль. Корма, нос, носовая фигура и другие детали золотились, если то позволяли средства.
Внутренние помещения корабля не окрашивались, тогда как верхнюю часть надводного борта обычно красили полосами разного цвета. Обычными цветами были черный и охра, но встречались также желтый, красный, синий и иногда белый. Флаги поднимали на всех мачтах. Обязательно поднимали королевский флаг, далее флаг флота, к которому принадлежал корабль, или флаг конкретного командующего флотом. Наконец, на корабль погружали запасы провианта. Окончательное оснащение корабля могло тянуться недели и даже месяцы. После этого корабль был полностью готов к походу и бою.
Название корабельных палуб на галеонах следовала средневековой традиции крепостей. Термины трюм (bodega) и нижняя или орудийная палуба (primera cubierta) перешли на галеоны со старых типов испанских кораблей: нао и каравелл. Позади грот-мачты начинался ют. Ют назывался to Ida, что буквально означает «палатка», поскольку на старых кораблях на корме обычно находился тент. Другим названием юта было alcazar, то есть «крепость». В верхней части юта находилась каюта, которую называли toldilla («палаточка»). Ниже от шкафута и до кормы находилось отделение корабля, именуемое camarote. Здесь оборудовались каюты для офицеров. В носовой части корабля находился полубак (castillo). Термины castillo и alcazar свидетельствуют о том, что испанцы строили морское сражение не от артиллерии, а от абордажа. Высокие надстройки ухудшали мореходность корабля, делая его трудно управляемым при сильных ветрах, гак как парусность корпуса приводила к тому, что корабль сносило под ветер. В то же время галеоны нельзя назвать неуклюжими кораблями, как это иногда пытаются представить. По сравнению с нао и карраками галеоны имели отменные ходовые качества. Галеоны были просто красивы. Их высокие юты, довольно бесполезные на практике, придавали кораблям внушительный вид, делая их настоящими плавающими крепостями.