В сентябре 1902 г. Хабибулла на торжественном приеме зачитал другое сообщение из России, в котором содержались настоятельная просьба открыть торговые пути для российских караванов от железно дорожного терминала в Кушке до Кабула и Герата и ответное предложение особых торговых льгот афганским торговцам. Затем эмир объявил, что его политика – такая же, какую проводил его отец, и ответил, что все будущие послания следует адресовать ему через правительство Индии. На приеме обстановка была враждебная, и кто-то воскликнул: «Пусть эту турецкую собаку, которая возит письма от неверных, бьют по голове ботинками до тех пор, пока у него волосы не выпадут! Это будет нашим ответом русским».
Весной 1903 г. возникли разногласия между русскими и афганскими чиновниками из-за предполагаемого уничтожения пограничных столбов в окрестностях Герата и других мелких инцидентов. В июне пришло сообщение, что правитель Герата получает письма от правителя Закаспийского региона по этим вопросам. Лансдаун привлек к этому внимание графа Бенкендорфа и сначала получил лишь уклончивый ответ. Но в меморандуме от 22 сентября 1903 г. по вопросу о замене некоторых столбов на русско-афганской границе (для этого англичане хотели отправить туда своих и российских офицеров, а русские видели в этом чисто местный вопрос) российский протокол заканчивался так: «Министерство иностранных дел может лишь подтвердить свою решимость следовать процессу, обозначенному в предыдущих резолюциях, и считает своим долгом добавить, что после четких разъяснений, данных по этому поводу, вопрос, о котором идет речь, полностью закрыт».
Лансдаун проинформировал Бенкендорфа о том, что правительство его величества глубоко возмущено тоном российского послания, и написал длинную депешу британскому поверенному в делах в Санкт-Петербурге, которая должна была выступить в защиту поведения англичан и стать официальным обвинением правительства России. Копия этой депеши, которая была утаена из-за примиренческой позиции Ламсдорфа, теперь была вручена для прочтения Бенкендорфу.
В 1902 г. Великобритания, отказавшаяся от своей политики изоляции, начала переговоры с Японией о заключении договора, по условиям которого, «в случае если одна из сторон окажется вовлеченной в войну с третьей державой, то другая сторона должна оставаться нейтральной до тех пор, пока любая другая держава или державы не присоединятся к военным действиям против этого союзника, и тогда договаривающаяся сторона придет к ней на помощь». Три года спустя, в 1905 г., был заключен Союзный договор, который обязывал договаривающиеся стороны приходить на помощь друг другу в случае неспровоцированного нападения любой другой державы или держав; этот договор был обновлен в 1911 г.
В октябре 1905 г. сэр Чарльз Хардинг попросил графа Ламсдорфа выразить свое мнение по поводу англо-японского договора. Тот ответил, что договор произвел самое неблагоприятное впечатление на правительственные круги. Тогда Хардинг подчеркнул, что Россия за огромные деньги построила несколько стратегических железных дорог к границам Афганистана, который российское правительство часто объявляло вне сферы своих интересов, и к самым воротам Герата. Их единственное назначение – содействовать нападению на Афганистан или Индию. Безусловно, они были предназначены для того, чтобы быть постоянным средством давления на Англию путем продвижения военных к афганской границе и представлять постоянную угрозу Индии.
Против этой точки зрения можно лишь справедливо заметить, что российские военные власти полагали, что в случае начала военных действий между двумя империями англичане спровоцируют эмира переправиться через Окс во главе афганской армии и поднять фанатиков-мусульман против их русских господ. Они также придерживались той точки зрения, и против этого трудно было возразить, что, в то время как Великобритания могла напасть на Россию с моря в более чем одном месте своей империи, единственное направление удара ее противника было возможно через Афганистан в Индию.