После начала войны с Японией в 1904 г. стало ясно, что переговоры не могут быть с пользой продолжены, но в 1905 г. Лансдаун в ответ на вопрос Бенкендорфа уведомил его, что политика Великобритании в отношении Афганистана не изменилась. Он предложил Бенкендорфу в ответ на это заявление дать гарантии того, что российское правительство также считает свою политику неизменной и продолжает видеть Афганистан полностью вне сферы своего влияния. В случае выдачи таких гарантий желаемое Россией изменение в существующем положении дел, а именно налаживание обмена посланиями между российскими и афганскими официальными лицами по неполитическим вопросам местного характера, будет разрешено. В марте 1905 г. Бенкендорф на словах уверил Лансдауна в том, что правительство России также желает, чтобы Афганистан оставался буферным государством.
В июле этого года кайзер убедил царя подписать в Бьёрке личный союзный договор между Россией и Германией, и таким образом Россия вошла в орбиту немецкой дипломатии. Этот договор не был ратифицирован министрами ни того ни другого государства, но вскоре после его подписания кайзер написал царю, что договор направлен против Англии, и Франция будет должна присоединиться к нему, тем самым практически превращая его в общеевропейский союз против Англии и Японии. Не прекращались также и его попытки подорвать франко-российский союз и англо-французское взаимопонимание. Таким образом, Великобритании стало ясно, что продолжающиеся трения с Россией лишь сыграют на руку сильной прогерманской партии при дворе русского царя.
Боевые действия между Россией и Японией официально закончились мирным договором, подписанным 23 августа 1905 г. Поражение России заставило государственных деятелей северной державы добиваться соглашения с Великобританией в Азии. Договор, по которому в конечном счете начались переговоры, представлял собой всеобъемлющую и окончательную попытку решить вопрос с англороссийским соперничеством в Персии, Афганистане и на Тибете (этот договор приведен в приложении 5); суть состояла в том, чтобы в его принципах и статьях воплотить условия, которые уберут все возможные причины трений в будущем. Вообще говоря, англичане приветствовали уступки в Афганистане и на Тибете, проявляя готовность пожертвовать чем-то в Персии.
В начале 1907 г. Морли сообщил Минто, что переговоры по англо-российскому договору идут полным ходом, и послал ему их краткое содержание. Минто в своем ответе особенно возражал против уступки – разрешения прямой связи между российскими и афганскими официальными лицами. Он также написал: «Мне кажется, что, вступая без ведома эмира в любой договор с Россией, затрагивающий Афганистан, мы рискуем потерять дружбу, которая имеет для нас неописуемую ценность не только в отношении обороны Индии, но и в отношении войны на границе».
В ходе переговоров первый вопрос был оставлен без внимания, но Морли, хотя министерство иностранных дел поддерживало точку зрения Минто, бестактно решил, что «так как договор ничего не меняет в договоре 1905 г., с эмиром не следует советоваться, а следует просто сообщить ему о его условиях после подписания».
После подписания договора Минто в своем письме от 10 сентября уведомил эмира, что статьи 1 и 2 договора самым недвусмысленным образом подтверждают уважение к суверенным правам его величества и политику невмешательства во внутренние дела его страны; что правительство России впервые официально признает, что Афганистан находится вне сферы влияния России, и обязуется все свои политические отношения с Афганистаном вести, пользуясь посредничеством правительства Великобритании; что согласно статье 3 Великобритания дает России согласие на то, чтобы специально назначенные ее и афганские пограничные чиновники решали чисто местные вопросы; и что, согласно статье 4, установлен принцип равного отношения к британской и российской торговой деятельности.
В своем ответе Хабибулла изложил точку зрения членов Государственного совета, которые считали, что договор уничтожил независимость Афганистана и не дает ему никаких преимуществ. По их мнению, он дал право обеим державам строить в Афганистане железные дороги. Разумеется, настоящая проблема крылась в бестактности Морли, который не принял в расчет эмира. Как подчеркнул Минто, эмир сам благосклонно относился к договору, но не был достаточно силен, чтобы переиграть антибританскую партию во главе с сердаром Насрулла-ханом.