После завершения Троянской войны первым поднялся на греческие города лидийский царь Крез и лишил их самого ценного дара — свободы. Деяние Креза становится поводом для изложения подробной истории Лидии. Основной мотив всего повествования раскрывается в этой части сочинения, где Геродот рассказывает о встрече Креза с афинским мудрецом Солоном. Крез, который превыше всего на земле ценил богатство, показал заезжему гостю все свои сокровища и ждал, что тот признает его самым счастливым человеком на земле. Каково же было его удивление, когда Солон ответил, что самым счастливым человеком на земле он считает одного простого небогатого афинянина, который честно прожил, до конца дней своих добросовестно выполнял гражданский долг и умер, оплакиваемый родными и друзьями. Мудрость Солона открылась Крезу много позже, когда персидский царь Кир завоевал и опустошил Лидию, а Креза приказал сжечь на костре. Проблема человеческого счастья и власти божества, столь важная для самого Геродота, раскрыта в этой истории о исчерпывающей полнотой. Смертью Кира, создателя могущественной персидской державы, завершается первая книга.
Вторая посвящена преемнику Кира Камбизу, который, подобно отцу, относился к малоазийским грекам как к своим рабам и вместе со всеми остальными покоренными народами насильно погнал греков на Египет. Египетский поход Камбиза дает Геродоту возможность поделиться всеми известными ему сведениями по истории, географии и этнографии Египта, причем личные наблюдения писателя причудливо переплетены здесь с египетскими преданиями. Покончив с этим, Геродот вновь возвращается к Камбизу и к его победе над египтянами, затем вспоминает, что одновременно с этими событиями спартанцы воевали с правителем острова Самоса Поликратом, который был другом и союзником египетского царя Амасиса. Переход к Поликрату осуществляется при помощи истории о его перстне, демонстрирующей ту же проблему относительности человеческого счастья. Упоминание о военном столкновении Самоса и Коринфа становится предлогом для рассказа о коринфском тиране Периандре. Далее Геродот опять возвращается к Камбизу и, рассказав о его смерти, переходит к правлению Дария, почти беспредельно расширившего границы персидского государства. Даже те народы, которые юридически считались свободными, неизменно посылали царю богатые подарки. Упоминание об этом переходит в рассказ об этих неподвластных, но связанных с Персией странах, в частности об Индии. Затем опять переход к Западу, завоевание Самоса и смерть Поликрата завершают историю о судьбе этого некогда столь удачливого во всем человека. Рассказ о военных походах Дария дает возможность Геродоту перенестись в Скифию и подробно рассказать о скифах, использовав, кроме произведений своих греческих предшественников, местные предания, услышанные им самим. Скифский логос Геродота — древнейший письменный документ по истории южных областей нашей родины. После неудачных попыток покорить свободолюбивые скифские племена Дарий возвращается с тем, чтобы начать новый поход в Африку. Далее следует рассказ о восстании ионийских греков против персов и о решении персов покорить материковую Грецию. После захвата северной части Балканского полуострова (Фракия, Македония) Дарий предпринимает попытку вторгнуться на территорию Эллады, но терпит жесточайшее поражение при Марафоне. Рождением Перикла заканчивается шестая книга, в которой подытоживаются неудачи Дария в Элладе.
Новый этап войны открывается воцарением сына Дария Ксеркса. Ему посвящены три последующие книги. Здесь и грандиозный поход Ксеркса, и битвы около острова Саламина и у города Платеи и, наконец, окончательное изгнание персов из Европы. Греки, преследуя своих противников, переправляются через Геллеспонт. Афиняне захватывают крепость Сест у Дарданелл. Итак, тот народ, который персидские цари мечтали видеть порабощенным, теперь победителем вступил на азиатскую землю. Этим заканчивается труд Геродота, который многие исследователи считали незавершенным, так как конец книги не совпадал с окончанием греко-персидской войны. Но Геродот выполнил ту задачу, которую он поставил перед собой, показав полное крушение персидской экспансии, а описание войны на территории противника могло уже не входить в его планы, тем более, что вопрос о ее необходимости для современников Геродота представлялся спорным.
Многие народы известных и малоизвестных в те времена стран нашли свое место в книге Геродота. Особое место и внимание Геродот уделил афинянам, которые, по его мнению, взяли на себя инициативу в отражении персидского нашествия. По Геродоту, честь спасения Эллады от иноземного порабощения полностью принадлежит Афинам: «Кто сказал бы, что афиняне были спасителями Эллады, тот не погрешил бы против истины».