Истребители МиГ-19ПГ выпускались в начальной стадии серийного производства и эксплуатировались в частях авиации ПВО наряду с самолетами МиГ- 19П, которые поставлялись в авиаполки ВВС, ПВО и морской авиации. Со временем систему наведения на цель изменили, при этом аппаратура «Горизонт-1» и радиостанция РСИУ-ЗМГ на серийных перехватчиках уже не ставились (последнюю заменили на РСИУ-4В).
Кроме Советского Союза МиГ-19П были приняты на вооружение ВВС и авиации ПВО еще четырех стран Варшавского договора. Самолет значительно усилил боевой потенциал сил ПВО, но по сравнению с фронтовым истребителем у него появился целый ряд новых дефектов и прежде всего – многочисленные отказы РЛС. Перемещение основного ПВД на крыло также стало причиной нескольких происшествий, в том числе ожогов рук (штанга ПВД имела электрообогрев).
Как уже упоминалось ранее, в середине 50-х гг. военные несколько потеряли интерес к «девятнадцатому». В 1956 г. главкомат ВВС снизил общий заказ промышленности не только на фронтовой истребитель МиГ-19С, но и на перехватчик МиГ-19П (было заказано всего 200 перехватчиков). И тому были вполне определенные причины. Фактически по летным данным перехватчик даже несколько уступал фронтовому истребителю. Максимальная скорость составляла 1432 км/час, практический потолок – 17.250 м, высоту 10.000 м машина набирала за 1,2 мин, дальность полета с подвесными баками не превышала 1520 км.
Ситуацию с только недавно принятым на вооружение истребителем вполне отчетливо понимали и в Правительстве и в ОКБ. Уже 6 сентября 1956 г. был издан приказ МАП №481, согласно которому коллективу ОКБ-155 поручалось улучшить летно-тактические данные самолетов МиГ-19С и МиГ-19П.
Микояновцы со своей стороны искали пути повышения характеристик машины. Одним из них была оптимизация конструкции и аэродинамических свойств воздухозаборника. Как известно, чем меньше потери полного давления воздуха, поступающего в двигатель, тем выше тяга, а значит и выше характеристики. При скорости полета, соответствующей числу М=1,5, потеря тяги силовой установки с дозвуковым воздухозаборником достигают 15%, а на МиГ-19 именно такие воздухозаборники (со скругленной обечайкой, создававшей подсасывающую силу при дозвуковых скоростях) и были смонтированы. В результате при выходе на сверхзвук происходил неоправданный рост лобового сопротивления.
Недостатки дозвуковых «носов» первыми осознали американцы, применившие на своем F-100 «Супер Сейбре» воздухозаборник с острой передней кромкой. В сочетании с высокими аэродинамическими характеристиками планера и даже, скажем прямо, невысокой тяговооруженностью у земли (равной 0,495), это позволило получить максимальную скорость 1390 км/ч. На этом фоне МиГ- 19С со значительно более высокой тяговооруженностью (0,86) развивал всего лишь 1452 км/ч на высоте 10.000 м.
Поэтому в ОКБ-155 приняли решение исследовать возможность использования уже отработанного на опытных самолетах Е-2А и Е-5 воздухозаборника с острой передней кромкой на истребителях типа МиГ-19. Это позволяло уменьшить газодинамические потери на входе. К началу 1957 г. проработка будущего СМ-12 близилась к завершению. Помимо новой удлиненной носовой части фюзеляжа с прямыми внешними обводами и новым носовым коком с центральным телом в виде подвижного конуса. Его ход составлял 250 мм, а в убранном положении он выступал из воздухозаборника всего лишь на 200 мм. Подвергся изменению и хвостовой кок, габариты и вес которого удалось заметно снизить.
В качестве силовой установки рассматривались новейшие модификации двигателя РД-9БФ-2 и РД-9БФ-2с впрыском воды внутрь воздушного канала (для увлажнения поступающего внутрь него воздуха), что давало возможность в нужный момент на короткое время резко повысить тягу.
Постройку четырех опытных экземпляров модернизированного истребителя, получившего шифр изделия СМ-12, поручили серийному заводу №21 в Горьком. В конце 1956 г. три из них были практически закончены и отличались между собой небольшими конструктивными изменениями и расположением ПВД.