Первые три экземпляра, оснащенные РЛС, были отправлены зимой 1943-1944 гт. в Померанию на авиабазу Леба, где подверглись интенсивным испытаниям. Подобно истребителям, этот ударный вариант «четырестодесятого» получил на вооружение целый арсенал поражающих средств. Поскольку бомбоотсек оказался занят электроникой и пушечным вооружением, то для траспортировки поражающих средств класса «воздух-поверхность», самолет снабдили комбинированным держателем ВТ-Когрег, позволявшим без особых проблем подвешивать почти любые боеприпасы. Одно их перечисление способно вызвать уважение к немецким оружейникам.
Довольно длинная балка, напичканная замками, упорами и несколькими штекерами, позволяла подвесить тандемно в два ряда четыре 250-кг бомбы или пару 500-кг (рядом), а также одну 780-кг бронебойную бомбу SB800RS, получившую наименование «Курт» (Kurt). Согласно расчетам конструкторов, сразу после отделения от самолета на ней должны были запуститься реактивные твердотопливные двигатели, снабженные наклонными соплами, которые и придавали ей наряду с дополнительным ускорением и вращающий момент, стабилизировавший ее в полете. Помимо нее, можно было использовать 1000-кг бронебойную бомбу PC1000RS, 1400-кг осколочно-фугасную SC1400 или такого же класса 1800-кг бомбу SC1800. Из различных типов торпед, имевшихся на вооружении Люфтваффе были выбраны две: 900-кг LT5b и 760-кг LT5i. Планировалось так же вооружить самолет реактивными планирующими бомбами (или как их тогда называли бомбы-торпеды) ВТ200, ВТ400, ВТ700 и ВТ1400. Но далеко не все было признано испытателями в качестве образцов, пригодных к принятию на вооружение. Например, планирующая торпеда НО. получившая кокетливое название «Дружелюбный ангел» (Friedensengel), была отвергнута. В сущности это был небольшой планер, фюзеж которого и образовывал корпус торпеды, буксировавшийся на 11-метровом тросе. Поскольку дальность с таким «хвостом» довольно сильно упала, обе дистанционные установки FDSL были сняты, а вместо них поставлен дополнительный 830-литровый бензобак. В ходе атаки самолет снижался до 10 м, после чего пилот осуществлял сброс торпеды, которая при падении в воду теряла несущие поверхности, а таймер запускал двигатель. Как это не покажется странным, отнюдь не падение дальности и не отказ от дистанционных установок поставил крест на этой затее. В ходе испытаний так и не удалось добиться нормального приводнения торпеды из-за мощных приповерхностных турбулентных потоков воздуха, воздействовавших на несущие поверхности боеприпаса и стремившихся его опрокинуть.
Торпедоносец оказался последним вариантом Ме410 не только доведенным до летного состояния, но и принятым на вооружение. Проектировавшиеся как дневной и ночной разведчики модификации В-7 и В-8 (последний должен был нести осветительные бомбы) так и остались в опытных цехах аугсбургского завода, хотя и находились к моменту окончания войны в довольно высокой стадии готовности. Остальным проектам на базе Ме410 повезло еще меньше.