Первыми же серийными модификациями были опять таки созданный по инерции истребитель-бомбардировщика (охотник) Ме410B1, а также истребитель-пикировщик Ме410В2. Последний, впрочем, по своему прямому назначению, видимо, никогда не применялся, а использовался исключительно в качестве носителя 50-мм пушки ВК5. Причиной этого, как ни странно, было наличие на «двойках» тормозных решеток. Их необходимость обуславливалась тем, что выдвижение на рубеж атаки (точнее обстрела) перехватчики, как правило, выполняли на повышенных скоростях (0,8-0,9 максимальной), что в свою очередь требовало от операторов системы ПВО Рейха исключительно грамотного наведения, в случае ошибки самолеты приходилось уводить на повторный заход, на что тратилось порой до получаса. В противном случае экипажи тяжелых истребителей могли попасть под оборонительный огонь «Летающих крепостей». Тормозные решетки позволяли в этом случае быстро погасить скорость, увеличить дистанцию и занять позицию для открытия огня на поражение.
Определенный успех, достигнутый при использовании против соединений американских четырехмоторных бомбардировщиков 210-мм реактивных снарядов Wfg.Gr 21, подтолкнул конструкторов увеличить их боекомплект. Однако аэродинамическое сопротивление трубчатых направляющих размещенных под консолями и так серьезно снижало летные характеристики. Кроме того, дополнительная нагрузка, размещенная под консолями делала самолет вялым в поперечной плоскости, да и точность стрельбы оставляла желать лучшего. Поэтому решено было снять пару 20-мм пушек MG151/20 и разместить шесть реактивных снарядов в бомбоотсеке на револьверной установке, одна из «труб» которой выступала бы за контур фюзеляжа. За счет быстрого вращения «барабана» можно было выпустить все шесть 210-мм ракет в одной атаке, что серьезно повышало кучность стрельбы. Взамен совершенно неэффективных MG17 были смонтированы более мощные и дальнобойные MG131. Их основным назначением была пристрелка, поскольку теперь огонь реактивными снарядами должен был вестись прицельно с дистанции 300-400 м.
Проведенные в начале 1944 г. испытания оказались не слишком удачными. Хотя скорострельность оказалась на уровне требований, как, впрочем, и точность огня (в ходе испытаний 4, 5-й, реже 6-й снаряд в «очереди» почти гарантировано попадали в цель), но обшивка передней части фюзеляжа и центроплана серьезно деформировалась, что тут же отражалось на летных данных. Устранение недостатков продолжалось в течении всей весны, и лишь в начале лета была готова небольшая партия самолетов для войсковых испытаний.
Другими вариантами были фоторазведчик Ме410В-3, ничем кроме двигателей не отличавшийся от Ме410А-3, а вот модификация В- 5 представляла собой бомбардировщик-торпедоносец, оснащенный радиолокатором FuG200 «Хохентвиль» (Hohen-twiel), аппаратура которого была установлена в бомбоотсеке, и парой дополнительных 20-мм пушек MG151/20E. Теперь стрелок, обслуживавший две дистанционные стрелковые установки FDSL131 и радиостанцию, получил в свое распоряжение еще и индикатор радара, на котором он должен был искать отметки затерянных в океане судов. Впрочем, имеющееся стрелково-пушечное вооружение вскоре было признано недостаточным и 20-мм «Маузеры» в бомбоотсеке уступили свое место стандартной платформе «Ваффенбехалтер 103» (Waffenbehalter 103) с двумя 30-мм пушками МК103, позволявшими эффективно подавлять огонь многочисленных 20-мм «Эрликонов» и 40-мм «Бофорсов», которыми корабли союзников были буквально утыканы.