Строгие постановления собора не имели однако ж другого действия, кроме того, что архиепископ Конрад, как канцлер пражского университета, не допустил возвышения в должности магистра в университете, но снова объявил в Праге интердикт, который кроме церкви св. Вита нигде не был соблюдаем; также возводил в священнический сан и награждал бенефициями только тех, которые объявили себя против ереси Виклефа и против причащения под обоими видами. Но магистры пражского университета, не обращая внимания на запрещение собора, продолжали по прежнему действовать как в учебных делах, так и в делах веры, издали извещение, в силу которого причащение под обоими видами признавалось необходимым для спасения (1417), также объявили Гуса святым мучеником за веру Христову, почему и 6 июля праздновалось потом как день, посвященный его памяти. Панство и рыцарство продолжало между тем преследовать священников, не хотевших раздавать св. тайны под обоими видами и назначало фараров, не обращая внимания на утверждение архиепископа. Под руководством пана Ченки из Вартенберга, главнейшего тогда пражского бургграфа, епископ Герман, генеральный викарий пражского архиепископства, вышел на некоторое время из послушания и рукоположил большое число священников в городе Липнице, которые не отреклись от раздачи даров под обоими видами.
Затем, начиная с местечка, стала распространяться партия реформаторов, которые в отклонении от учения и обрядов всеобщей церкви пошли далее, нежели Якубек и другие магистры пражского университета. Основание их было такого рода, что христиане не должны придерживаться того, что не указано ясно в св. писании и, имея это ввиду, они стали порицать все учение и все обычаи церкви. Тогда же начали отвергать обедню и различные священные обряды, почти все, кроме креста и вечерни; отвергали молитвы святым и за умершие души, учение об очищении, посты, монашеские ордена и множество других церковных обрядов. Собрание пражских магистров объявило себя против такого учения (1417 — 1418); и напоминало верующим, чтобы они избегали его; объяснение же св. писания ограничило так, чтобы всякое христианское учение основано было не на одном св. писании, но и на предании церкви, которому тогда не должно только следовать, когда оно открыто противоречит св. писанию.
Констанцский собор между тем с большей деятельностью приготовлял единство главы церкви, нежели прежде собор Пизанский. И он решил избрать нового папу; но прежде всего отстранил всех трех прежних пап, воспользовавшись для этого помощью со стороны Сигизмунда. Папа Иоанн XXIII, который прежде лично прибыл в Констанц и старался распустить собор, был взят еще пред сожжением Гуса и осужден за противозаконные поступки (1415). Григорий XII, потеряв всякую надежду на победу, уступил добровольно; от Бенедикта XIII отказались единственные покорные ему короли испанские вследствие договора, заключенного с королем Сигизмундом, и собор объявил его тогда свергнутым с престола (1417). С меньшим однако ж успехом трудились они на пользу церковной реформы. Чем дальше собор продолжался, тем больше увеличивалась в нем партия, противная реформе. Указывая на то, на что обращены были стремления о реформе в Чехии, она старалась эти самые стремления заподозрить в ереси. Ревностные защитники реформы требовали, чтобы необходимые к тому постановления были сделаны еще пред избранием нового папы, который обязан был соблюдать их; но победила другая партия и избран был наконец папа Мартин V (1417), который однако ж мало сочувствовал делу реформы и прежде, чем совершилось что-нибудь значительное, он распустил собор (1418) с тем, чтобы по прошествии 5 лет собран он был опять в итальянском городе Падуе.
Новый папа Мартин еще в Констанце одобрял до сих пор бывшие постановления собора против чехов. Постановлено было со всеми приверженцами учений, отвергнутых собором, поступить по законам, направленным против еретиков; священников, изгнанных из своих фар, снова возвратить и вообще все привести в прежнее положение; король Вячеслав присягой должен был обязаться охранять права римской церкви в своем государстве без всякого уклонения. Как весьма важную необходимость, папа задумал воздвигнуть крестовый поход против чехов и принудить их к покорности.