Распря Гуса могла, может быть, кончиться теперь благополучно. Но дух смелого Вифлеемского проповедника еще более окреп от продолжительных споров и напрасных надеждах; ибо реформа церкви, ожидавшаяся от Пизанского собора, казалось, снова была отстранена; папа Иоанн XXIII, один из развратнейших людей всех веков, не делал никаких к ней приготовлений и даже не думал собирать собор, но проводил время еще в большем разврате, чем его предшественники. Наглядевшись на такое положение вещей, Гус вместе со своими друзьями углублялся больше и больше в учение Виклефа и находил удовольствие в защите его против папской власти, как видимой главы церкви. Так как лицо, которое представляло высший авторитет церкви, исполнено было порока, то воодушевленный проповедник не видел необходимости в авторитете, как необходимой основе всего церковного управления и стал его ниспровергать. Скоро представился к этому случай, когда папа Иоанн XXIII, стесненный войной Владислава, короля апульского, как защитника свергнутого папы Григория, без всякого раздумья приказал объявить крестовый поход против него, обещая при этом отпущение грехов всем тем, которые помогут ему или деньгами, или другим каким-нибудь образом.
Комиссары, посланные папой, прибыли также и в Прагу и стали постыдным образом продавать индульгенции (1412). Тогда Гус вооружился против индульгенций в проповедях, отвращая народ от принятия их, и на публичном диспуте в университете объявил их незаконными и антихристианскими, также как и многие из его друзей, в особенности же весьма красноречивый и ловкий магистр Иероним пражский. Эта оппозиция их приготовила народное движение, для прекращения которого король Вячеслав запретил, под страхом казни, противиться постановлениям папы. Трое юношей из ремесленников тем не менее восстали против проповедников, публично одобрявших индульгенции. Ратманы старогородские приказали их захватить и на другой день отрубить головы на Старогородской площади. Простой народ столпился и, не обращая внимания на немецких воинов, исполнявших казнь, взял тела юношей, положенные на белом полотне, и нес их в Вифлеем, воспевая им хвалебные песни, как прославленным мученикам.
После этого происшествия, духовенство, враждебное Гусу, снова жаловалось на него в Рим, как на человека, презиравшего апостольские постановления, и папа Иоанн, без дальнейшего рассмотрения, наложил на него проклятие более грозное, чем прежде, призывая всех верных схватить его живого или мертвого и разорить Вифлеемскую часовню, как рассадник заблуждения. Пражские немцы два раза покушались на это, но каждый раз прогоняемы были чехами. Божественные службы совершались опять в Праге, пока тут находился Гус. Король Вячеслав, для предупреждения новых смут, приказал наконец Гусу оставить Прагу, пока не установится новый мир.
Среди таких тяжелых обстоятельств, архиепископ Альбин сложил с себя свою обязанность, а на место его вступил Конрад из Вехты, иностранец, прежний ольмюцкий епископ, тем не менее преданный королю Вячеславу. По требованию короля, он собрал духовный синод (1413) для избрания посредников, с целью положить конец вредным раздорам в духовенстве и отстранить всякую к ним причину. Но дело это не получило никакого решения; одни требовали, чтобы Гус был наказан и чтобы было подавлено всякое восстание против авторитета церкви, другие находили помощь только в исправлении утвердившихся в церкви беспорядков, а именно в лишении духовенства чрезмерного светского владычества. Король снова учредил комиссию из четырех лиц, которая должна была примирить Гуса с главнейшими его врагами из богословского факультета; но это было напрасно. Разгневанный король Вячеслав изгнал четырех этих врагов из своего государства, между ними Степана из Палеча и Станислава из Знойны, прежних защитников реформы и друзей Гуса, но разошедшихся с ним вследствие распри об отпущении грехов.
Гус, по удалении своем из Праги, сначала жил в Козимградке, близ местечка Усти, в Бехинской области, во владениях пана Яна из Усти, по смерти же его в замке Краковце, за Кривоклатом, у другого покровителя реформационных стремлений, пана Генриха из Лажан, дворянина, любимца короля Вячеслава. Б обеих этих областях говорил он народу проповеди, в открытом поле и в других местах, но не в церкви, притом вел письменные споры со своими врагами и написал несколько больших сочинений, как напр. собрание проповедей на чешском языке и трактат о латинской церкви. В этих сочинениях он определеннее, чем прежде, порицал недостатки видимой главы церкви и указывал на священное писание, как на единственно справедливое, основание в делах веры и христианских обрядов.