Преследуя Помпея, Цезарь в начале октября прибыл в Александрию, где царские вельможи в знак своей лояльности преподнесли ему голову злосчастного беглеца вместе с его перстнем. Однако победоносный полководец этим не удовлетворился: чтобы взыскать с египтян давний долг в 10 млн. денариев, он вмешался в местные династические распри, поддержав 21-летнюю царицу Клеопатру VII в борьбе против ее брата и мужа Птолемея XIII. Так началась 9-месячная египетская авантюра Цезаря, в ходе которой его жизнь не раз подвергалась смертельной опасности. Война продолжалась с переменным успехом. Наконец в марте 47 г. до н. э. Цезарь одержал полную победу, Птолемей XIII погиб, Александрия капитулировала. Египетский престол был передан Клеопатре (впоследствии она родила от Цезаря сына, Цезариона, и некоторое время жила вместе с ним в Риме), официально выданной замуж за другого своего брата, Птолемея XIV (спустя три с половиной года она его отравила).
Тем временем боспорский царь Фарнак II (63–47 гг. до н. э.), сын Митридата Евпатора, решил воспользоваться римской междоусобицей и захватил Колхиду, Малую Армению, Каппадокию, Вифинию и Понт. Цезарь немедленно направился в Сирию, а оттуда в Киликию. Затем он с четырьмя легионами вторгся на территорию Понта. В битве при Зеле, где за 20 лет до этого Митридат VI нанес сокрушительное поражение римским войскам, 2 августа 47 г. до н. э. армия Фарнака была наголову разгромлена, сам царь бежал и вскоре погиб. Об одержанной победе Цезарь кратко сообщил в Рим: «Пришел, увидел, победил» (veni, vidi, vici). Устроив дела в Малой Азии, диктатор отправился в Италию. В конце сентября он был уже в Таренте. По дороге в Брундизий к нему явился оставивший помпеянцев Цицерон. Неисправимый «перебежчик» (transfuga) был обласкан Цезарем и приглашен в Рим.
В столице Цезарь, пользуясь правом рекомендации, провел в магистраты многих своих соратников. Число магистратур было значительно увеличено, за счет креатур диктатора пополнен состав сената. Уже в декабре Цезарь отправился в Африку, где к этому времени Квинт Цецилий Метелл Пий Сципион (консул 52 г. до н. э., приемный сын Метелла Пия и тесть Помпея) собрал 14 легионов. На стороне помпеянцев был и нумидийский царь Юба I. Вскоре после высадки, в январе 46 г. до н. э., Цезарь потерпел поражение от войск Петрея и Лабиена (бывший соратник Цезаря, Лабиен в самом начале гражданской войны перешел на сторону Помпея). К счастью для Цезаря, нерешительный Сципион, как и в свое время Помпей, придерживался сугубо оборонительной тактики. Подтянув резервы, диктатор перешел в наступление. Вскоре он осадил богатый прибрежный город Тапс. Здесь 6 апреля 46 г. до н. э. произошло решающее сражение. В распоряжении Цезаря было 10 легионов, у Сципиона и Юбы – 14, а также легкая пехота и 100 слонов. Тем не менее Цезарь одержал полную победу. Помпеянцы потеряли только убитыми свыше 10 тыс. чел. и бежали.
Победитель двинулся к Утике. Последний оплот помпеянцев в Африке оборонял непреклонный 48-летний Катон. Верный до конца своим принципам, он сначала помог бежать из обреченного города всем желающим, а затем, как ни препятствовали ему друзья и домочадцы, нанес себе смертельный удар мечом (его сын спустя 4 года погиб в битве при Филиппах). Царь Юба, Сципион и Петрей покончили с собой, Фавст Корнелий Сулла (сын диктатора) и Афраний были убиты; большинство помпеянцев сдались и были прощены Цезарем. Только Лабиену и сыновьям Помпея, Гнею и Сексту, удалось бежать в Испанию. Нумидийское царство Юбы было обращено Цезарем в провинцию Новая Африка, Утика и Тапс должны были выплатить контрибуцию в размере 400 млн. сестерциев.
В июле 46 г. до н. э. Цезарь прибыл в Рим, а в августе отпраздновал пышный четверной триумф: над Галлией, Египтом, Понтом и Африкой. За четыре дня в триумфальной процессии было пронесено ценностей на сумму в 65 тыс. талантов. Из этих средств диктатор произвел щедрые выплаты ветеранам, а также обильные раздачи и богатые подарки жителям Рима. Были устроены великолепные зрелища и грандиозное угощение для плебса на 22 тыс. столов. Впрочем, проведенная вскоре перепись населения показала, что за годы гражданской войны количество граждан уменьшилось более чем вдвое.
Среди почестей, декретированных Цезарю сенатом, было право сидеть на курульном кресле между обоими консулами, почетная колесница и статуя на форуме с надписью: «Полубогу». Он был провозглашен диктатором на 10 лет с правом иметь 72 ликтора. Вдобавок к трибунской и проконсульской власти Цезарь получил пожизненную цензорскую власть (praefectura morum). Как император (imperator, т. е. победоносный полководец), он и в мирное время оставался главнокомандующим армией. В течение первых 9 месяцев 45 г. до н. э. Цезарь был консулом без коллеги (sine collega).