Правило I. При отыскании причин изучаемых естественных предметов и явлений «не следует допускать причин больше, чем достаточно для объяснения». Попросту говоря, для объяснения причин изучаемых естественных реалий не надо отыскивать никаких иных причин, кроме естественных, физических. Метафизические предположения-гипотезы здесь, во всяком случае, не нужны. Это утверждал уже номиналист Уильям Оккам, мысли которого (скрываемые под малопонятным словосочетанием «бритва Оккама») нам уже знакомы (см. выше раздел о философии Средних веков). Правда, Ньютон для подтверждения истинности этого своего методологического правила прибегает, тем не менее, именно к метафизическому аргументу. Простые, естественные объяснения потому предпочтительны, что «природа проста и не расточает излишних причин вещей». «Простота природы», конечно, есть метафизическое положение. Ирония в том, что для подтверждения отказа от метафизики приходится прибегать к опоре на метафизику.
Правило II. «Одни и те же предметы и явления необходимо объяснять одинаковыми причинами». Точнее было бы сказать не «одни и те же предметы и явления», а «сходные предметы и явления». Это правило обосновывается также метафизическим положением о «единообразии природы». Опытным путём убедиться в единообразии природы невозможно, потому что для этого предварительно пришлось бы опытным путём исследовать всю Вселенную, что, совершенно очевидно, для человека практически неосуществимо и теоретически немыслимо. Практическое следствие этого правила было направлено прежде всего против старого античного (= аристотелевского) взгляда на структуру Вселенной, при котором Вселенная делилась на несколько ярусов, в каждом из которых действовали свои собственные факторы. Например, законы надлунного и подлунного небесного мира различались по качеству, небесный ярус неподвижных звёзд и ярус подвижных небесных тел (Солнца, Луны и пяти известных древности планет) тоже качественно отличались друг от друга.