Вторую фракцию представляет молодое офицерство, значительная часть которого получила военное образование на Западе. Она является естественной опорой и резервом первой фракции; как и первая, выступает за политическую и экономическую либерализацию Индонезии, однако более последовательна в этих стремлениях. В то же время она менее четко организационно оформлена. В процессе естественной смены поколений в комсоставе армии она выдвигается самим ходом событий на первый план, не получая при этом адекватной, с ее точки зрения, «доли пирога». Лидирующее положение в ней занимают молодые офицеры западнояванского военного округа Силиванги. Программная речь главы государства на сессии НКК 1988 г., в которой Сухарто практически выступил за сохранение существующей политической системы и подверг резкой критике «либерализм» и западную демократию, вызвала разочарование активистов обеих этих оппозиционных «популистских» фракций. К началу 90‑х гг. они почти перестали скрывать, что предпочли бы смену главы государства в 1993 г.
Главой третьей фракции выступает сам президент. Его основной опорой (в армии, Голкаре, в госаппарате) являлись в течение десятилетий расставлявшиеся им по принципу личной преданности высшие офицеры. Большинство из них ныне не состоит на действительной службе, но продолжает осуществлять «гражданскую функцию армии» — участие в управлении страной. Теперь точка опоры переносится президентом на «промежуточное» поколение, которое лично не участвовало в революции 1945 г. и освободительной войне, но хорошо помнит эти героические времена. На замещение стратегически важных послов Сухарто отбирает лично известных ему и преданных лиц, нередко связанных с ним родственными или дружескими узами. Так, его шурин Висмойо Арисмунандар назначен командующим элитным мобильным соединением КОСТРАД, расквартированным в Джакарте и сопредельных районах. Назначение главой Комитета специальных операций (разведка и контрразведка) получил его зять Прабово. Пост командующего ТНИ был доверен после Б. Мурдани бывшему адъютанту Сухарто генералу Три Сутрисно. Два других бывших адъютанта (Кентот Харсено и Кунанто) соответственно возглавили джакартский гарнизон и государственную полицию. По мнению многих офицеров, эти назначения не соответствуют критериям приоритетности по старшинству и заслугам, принятым сейчас и ТНИ, и потому неоправданны.
Создается впечатление, что в течение последних лет Сухарто ощутимо дистанцировался от армии, от офицерства действительной службы. Он опирается на генералов–отставников, на Голкар, который безраздельно им контролируется, а также пытается наладить отношения с обеими партиями. Это обстоятельство не только свидетельствует о стремлении расширить базу массовой политической поддержки и, стало быть, баллотироваться на новый президентский срок, но и повышает престиж Сухарто на Западе, сглаживая стереотипное представление многих о нем как о главе военной хунты. Формируя в марте 1988 г. новое правительство, Сухарто сократил в его составе число генералов с 13 до 10. Большинство оставшихся принадлежит к старшему поколению и безоговорочно предано президенту (адмирал Судомо, генерал С. Рустам и др.). Вместе с тем министром обороны был назначен Б. Мурдани. Президент весьма искусно играет на разногласиях и противоречиях представителей различных фракций и деятелей армии.