Но сделано это было не вовремя, так как королевская чета, несмотря на свою религиозную лояльность, слишком дорожила своей независимостью и не желала, чтобы власть папы через посредство инквизиторов приобрела в Кастилии новую силу. Старания Рима на первых порах привели лишь к тому, что была создана комиссия из духовных лиц, дабы определить, насколько широко распространена в Севилье ересь иудействующих. Важную роль в этой комиссии играл ярый сторонник учреждения инквизиции настоятель доминиканского монастыря в Севилье Алонсо де Охеда.
В докладной записке, которую комиссия представила Фердинанду и Изабелле, утверждалось, что большая часть жителей Севильи охвачена ересью и при этом высокопоставленные лица не составляют исключения; ересь заразила, говорилось далее, не только Андалузию, но и Кастилию, и спасти страну от этой язвы может лишь инквизиция.
Действительно, новохристиане занимали в это время в государстве доминирующее положение. Два представителя семьи Кабальериа заседали в высшей королевской канцелярии, секретарями которой состояли Алмасан и Барачина, сыновья евреев. В Арагонии губернатором был Франсиско Гурреа, Луи Санчес — генеральным судьей, его брат Габриэль — генеральным казначеем, а Луи Гонсалес хранителем печати. Маран Мигель из Севильи служил секретарем министерства юстиции, а его заместителем был Мисер Хаиме де Луна. Алькальдом Памплоны был Мосен Луи Сантангел, генеральным викарием сарагосского епископства — Мисер Педро Монфор, кости которого были впоследствии сожжены, начальником кастильской счетной палаты — Гонсало Франко, епископом Корин — Хуан Малуэнда и т. д.
К выводам докладной записки присоединился духовник королевской четы Томас Торквемада, давно уже мечтавший об уничтожении еретиков в Испании. При таких обстоятельствах Фердинанд и Изабелла, уже достаточно укрепившие свою власть и не боявшиеся попасть в зависимость от церкви, обратились к Сиксту IV с просьбой издать буллу об учреждении в Испании инквизиции.
Для Сикста обращение королевской четы показалось неожиданным счастьем. Вскоре, однако, папе стало ясно, что инквизиция, об учреждении которой хлопочут Фердинанд и Изабелла, во многих отношениях отличается от той инквизиции, которая существовала в Средние века почти во всех государствах Европы и введение которой было так желательно римским первосвященникам. Кастильские монархи первым условием поставили, чтобы назначение инквизиторов зависело от светской власти. Второе — не менее важное — условие гласило, чтобы конфискованное у осужденных еретиков имущество переходило в собственность государственной казны. Таким образом, требование Фердинанда и Изабеллы сводилось к тому, чтобы за счет еретиков обогащалось государство и чтобы инквизиторы были орудием не папы, доминиканцев и францисканцев, а светской власти. Другими словами, чтобы инквизиция действовала по указанию не Рима, а Толедо. Условия эти казались тем тяжелее для Римской курии, что новохристиане были очень богаты, и на эту добычу папы давно уже обращали свои взоры. Но папа Сикст IV вынужден был, однако, уступить, и долгие переговоры между Кастилией и Римом закончились торжеством светской власти, закрепленным буллой 1 ноября 1478 года. В противоположность булле Николая V эта булла не предоставляла инквизиторам права обвинять епископов в ереси; по отношению к ним оставалось в силе решение папы Бонифация III, гласившее, что епископы должны отвечать только перед судом самого папы.
Впрочем, несмотря на свою победу над Римской курией, Фердинанд и Изабелла медлили с введением в жизнь папской буллы, поскольку хорошо понимали, какими серьезными экономическими и финансовыми осложнениями будет неизбежно сопровождаться преследование богатых и трудолюбивых маранов. Кроме того, при дворе Изабеллы были влиятельные новохристиане, которые имели основание опасаться, как бы они сами или их близкие не подпали под действие буллы; они всячески уговаривали королеву не рисковать легкомысленно положением богатейшего класса населения. Правда, духовные лица, ведшие свое происхождение от евреев, теперь находились в лучшем положении, нежели во времена Альваро де Луны: их не мог арестовать и судить первый попавшийся инквизитор.
Два года удавалось маранам оттягивать проведение в жизнь буллы Сикста IV, и все-таки 17 сентября 1480 года роковой шаг был сделан: в этот день были назначены инквизиторами доминиканцы Мигель де Морильо и Хуан де Сан-Мартин. Пока сфера их деятельности была ограничена Севильей, считавшейся очагом маранской ереси, и ее окрестностями.