К началу 1481 года был сформирован инквизиционный трибунал, в который, кроме де Морильо и де Сан-Мартина, вошли доктор Хуан Руис де Медина и фискальный прокурор Хуан Лопес дель Барко. Позже в его состав включили севильского коррехидора (судью) Диего де Мерло и лиценциата Феранда Янеса де Лобона — обоих в качестве приемщиков имущества еретиков. Пока трибунал готовился приступить к работе, из Севильи начался исход маранов. Но первым актом трибунала был эдикт, предписывающий всем дворянам Кастилии арестовать бежавших из Севильи новохристиан и в течение пятнадцати дней передать их в руки севильских властей. В противном случае сеньоры подлежали отлучению от церкви как пособники еретиков, и их имущество конфисковывалось. Эдикт возымел свое действие; число арестованных оказалось столь велико, что тюрьма при монастыре Сан-Пабло, где поначалу обосновался трибунал, не смогла их вместить, и заседания пришлось перенести в крепость Триану, знаменитую мрачными башнями и подземными темницами.
Для предотвращения побегов маранов из Севильи у городских ворот была поставлена инквизиторами особая полиция; беглецам грозила смертная казнь. Но не все мараны видели свое спасение в бегстве; нашлись и такие, кто решил оказать вооруженное сопротивление. Во главе их встал Диего де Сусан, один из влиятельнейших людей Севильи, имущество которого оценивалось в десять миллионов мараведи. Но заговор маранов, задумавших убить инквизиторов, не удался, так как дочь Сусана сообщила о нем своему возлюбленному, а тот донес инквизиторам. Сусан и другие видные мараны Севильи были арестованы.
Следствие было скорым. Замысел убить инквизиторов не мог быть отнесен к компетенции инквизиционного трибунала, ведавшего лишь дела о ереси, чем, по существу, не был этот заговор. Тем не менее Сусана и его подельников судили именно инквизиторы и вынесли им смертный приговор, словно это были еретики, не желавшие каяться в своих грехах.
6 февраля 1481 года состоялось торжественное аутодафе, на котором сожгли шесть человек. Во главе процессии шел Алонсо де Охеда, увидевший наконец осуществление своих давнишних мечтаний. Через несколько дней он умер от чумы, унесшей в Севилье около 15 000 человек. В том же феврале состоялось второе аутодафе, на котором сожгли трех маранов, в том числе Диего де Сусана.
После этого было решено устроить особое место для сожжения еретиков — кемадеро; остатки его сохранились в Севилье по сию пору. В четырех углах кемадеро находились статуи библейских пророков, сделанные на пожертвования некоего Месы. Впоследствии, однако, оказалось, что этот Меса был иудействующим, и его сожгли на том самом кемадеро, которое он так великолепно изукрасил.
Третье аутодафе в Севилье состоялось 26 марта 1481 года; в пламени погибли семнадцать новообращенных, втайне исповедовавших еврейскую религию: среди них было пять монахов, три священника и один очень известный проповедник по имени Сабариего. С ужасом народ взирал на деятельность инквизиторов, все более и более убеждаясь, что они не щадят ни знатных, ни богатых. Из-за чумы инквизиторы вынуждены были переселиться из Севильи в деревню Арасену, но это не помешало их деятельности. Там они приговорили к сожжению 23 маранов, в том числе несколько женщин, и, кроме того, распорядились выкопать трупы многих еретиков, которые также были торжественно сожжены.
До 4 ноября 1481 года, то есть в течение девяти месяцев, в Севилье и Арасене сожгли 298 человек и еще 79 приговорили к вечному тюремному заключению; само собой разумеется, что имущество осужденных конфисковывалось. От страшного трибунала нигде нельзя было найти спасения, и неудивительно, что он стал внушать смешанный с отвращением ужас даже многим христианам, в жилах которых не было ни капли еврейской крови. Со всех сторон слышались жалобы на действия инквизиционного трибунала, и все чаще высказывалась мысль, что маранам надо дать возможность покаяться в грехах и примириться с церковью.