В то время, когда кардиналы в Венеции собрались в конклав, французы были вытеснены из Италии. Пий VII (1800–1823 гг.), тогда кардинал-епископ Чиарамонти Имольский, мог вследствие этого перенести свой престол обратно в Рим. Первой его задачей было урегулировать свои отношения с Францией. Сражение у Маренго (1800 г.) передало в руки французов власть над верхней Италией. Одновременно с этим их победоносный вождь Наполеон Бонапарте, с 1799 г. первый консул, начал примирительные переговоры с Римским престолом. Летом 1801 г. состоялось заключение конкордата. Согласно этому было признано новое церковно-административное деление (10 митрополий, 50 епископий), причем наречение кандидатов при замещении епископских кафедр было предоставлено Первому консулу, а утверждение их — папе. Переговоры, для ускорения которых кардинал статс-секретарь Консальви прибыл лично в Париж, шли не беспрепятственно. Вследствие самовластия Наполеона особенно большие затруднения встретились при осуществлении договора. Вопреки обещанию не давать предпочтения при номинации новых епископов конституционному епископату, десять лиц были прямо представлены из этой среды. Этого мало. Одновременно с конкордатом (1802 г.) были опубликованы так называемые «Органические артикулы», которые прямо шли в разрез с положениями конкордата и интересами папского престола. Согласно этому акту, декреты папы и иностранных соборов подлежали государственному Placet, созвание соборов и подобных собраний запрещалось без нарочитого позволения правительства, вводился Recursus ab abusu, «Галликанские артикулы» признавались в качестве общеобязательного учения, различались парохи и дессерваны, т. е. священники кантональных или больших приходских церквей и священники подчиненных последним церквей. Лицам второй категории, именно около 20 000 человек (парохов было 3700) назначалось не только меньшее жалование, но они не подлежали положению а несменяемости (без канонического процесса) и т. д. Папа тогда заявил свой протест и это тем более, что публикация артикулов была произведена таким образом, как будто они составляли часть Конкордата и вместе с последним являлись результатом переговоров с Римским престолом. Властолюбие французского повелителя вскоре должно было повести еще к большим конфликтам.
Когда Наполеон был избран в 1804 г. императором французов, то он пригласил папу в Париж для совершения миропомазания и коронования. После больших промедлений поездка Пия, наконец, состоялась. Этим путем последний надеялся достичь уступки по некоторым церковным вопросам и, прежде всего, возвращения захваченных французами владений папского государства. Однако, он ошибся в расчетах. Новый император желал только брать, но не давать. Он сам ожидал дальнейших одолжений со стороны папы. А так как его требования по большей части были неисполнимы, то это, конечно, привело к разрыву.
Едва Пий VII возвратился в Рим, как от него потребовали расторжения брака Иеронима Бонапарте (1803 г.) с мисс Петерсон. Вскоре вопреки всякому праву была занята Анкона и папе предъявили требование считать всех врагов Франции за своих собственных и соответственно с этим изгнать из пределов папской области русских, англичан и шведов, а их корабли — из своих гаваней. Когда Иосиф Бонапарте был посажен на Неапольский трон и Пий по этому поводу напомнил о принадлежавшем исстари папскому престолу праве верховенства в отношении королевства двух Сицилий, то ему стали грозить занятьем его государства. В Светлую мессу 1808 г. французы в самом деле ворвались в Рим. Два месяца спустя несколько папских провинций, а в 1809 г. вся папская область были подчинены французскому верховенству, вернее были объединены с королевством Италии. Папа на это ответил анафемой. Тогда он в качестве военнопленного был отправлен в Савойю, кардинал статст-секретарь Пакка был заключен в крепости Фенестрелле в Пьемонте, а остальные кардиналы, исключая престарелых и больных, отправлены в Париж. Когда император расторг свой брак с Жозефиной Ташер, вдовой маркиза Богарне, то 13 кардиналов отказались благословить его новый брак с эрцгерцогиней Марией-Луизой, так как первый брак был расторгнут не папой, единственным компетентным судьей по этим делам, но судом французской местной церкви. Тогда император приказал низложить всех их и попарно разослать в ссылку по различным городам Франции (1810 г.). Между тем положение Пия еще более ухудшилось. Лишенный своих советников, он отказывал в утверждении представляемых ему кандидатов в епископы. В виду этого папа был ограничен в свободном общении с прочим миром, при чем издержки по его двору были сокращены до минимума. Вообще немилость императора всячески давали ему почувствовать.