Что касается организации Вселенских соборов, то созвание их исходило от императора. Дело это объясняется характером соборов, как имперских епископских собраний. Приглашались на них преимущественно митрополиты. Обыкновенно являлись они не единолично, но в сопровождении части суффраганных епископов. Прежде всего требовалось присутствие патриархов. Во всяком случае, необходимым почиталось хоть представительство патриархатов. В виду значительного расстояния Запад в сущности всегда представлялся послами Римской кафедры или Римского собора. Как император созывал собор, так точно он на нем лично или через представителя надзирал за внешним порядком. При возбуждении умов, которое существовало ко времени соборов, это было не только желательно, но отчасти являлось положительно необходимым. Наконец император давал соборным постановлениям свое утверждение, сообщая тем самым им силу закона. Напротив, церковные совещания были предоставлены епископам, как настоящим сочленам собрания. В первом ряду стояли папы или, вернее, — так как они лично в соборах этой эпохи никогда участия не принимали, — их легаты. Их преимущественное положение выражалось как в занятии мест, так и в порядке подписывания соборного протокола. В вотуме своих посланных папа давал свое согласие постановлениям собора. Утверждение его путем особого последующего акта не считалось необходимым. В пользу этого предположения говорит уже одно то обстоятельство, что императорское утверждение следовало немедленно после представления определений или по заключении собора, таким образом папское утверждение уже вперед предполагалось.
Если на Вселенских соборах предполагается по общему правилу представительство общей церкви, то существовали дальше соборы, как, например, Константинопольский 381 г. и Римский 680 г., на которых собирались епископы или только Восточные, или только Западные. Такие соборы обыкновенно называются общими соборами. За ними следуют соборы патриаршие, национальные, провинциальные, диоцезиальные, т. е. собрания епископов, вернее, духовенства известного округа под председательством своего старшего епископа. К ним надо присовокупить еще пленарные или полные соборы (concilia plenaria), как называются соборы епископов всех провинций Западной Африки. По канонам соборов Никейского (к. 5) и Халкидонского (к. 17) провинциальные соборы должны были собираться ежегодно два раза в год, а по определениям Орлеанского 533 г. (к. 2) и других соборов VI в., по меньше мере ежегодно. Отдельные соборы (Оксерский 585 г., к. 7, Гуесский 598 г., к. 1, Толедский 693 г., к. 7) требовали также ежегодных диоцезиальных соборов.
Особое положение занимает Константинопольский домашний Синод, собрание находящихся в столице епископов, привлекаемое Константинопольским патриархом для рассмотрения различных поступающих к нему запросов и споров. Присутствие сначала отличалось случайным характером. Позднее заседания его сделались постоянными, причем число заседающих в нем епископов было увеличено и им, как советникам патриархата, было предложено проводить известное время в столице.
Право участия на соборе принадлежит только епископам, вернее, духовным. Другой порядок существовал в Испании, где с половины VII в. в качестве полноправных членов были сделаны также и светские лица, которые также подписывались под актами после епископов и аббатов. Во Франции позднее развились Concilia mixta.
Предметы соборного обсуждения были самые различные. На соборах разрешались все возникавшие в церкви споры, как личного, так и имущественного характера и одинаково касавшиеся вероучения или дисциплины и устройства. Относившиеся к последнему постановлению облекались в форму канонов, которые для облегчения пользования ими весьма рано стали собираться в особые сборники, собрания канонов. Наиболее важным из них в греческой церкви был сборник Иоанна Схоластика, позднее Константинопольского патриарха около 550 г., а на латинском Западе сборники Карфагенского собора 419 г. (Codex canonum ecclesiae Atricanae), Дионисия Малого (MPL. 67) около 500 г., который кроме собрания канонов заключал в себе декреты папы от Сириция (384 г.) до Анастасия II (498 г.), и испанский, составленный в VII в. и долгое время, хотя и неправильно, приписываемый Исидору Севильскому (MPL. 84). В двух первых сборниках находятся также апостольские правила. Они представляли заключение апостольских постановлений (§ 75) и, несомненно, исходят от составителя этого писания. Число их 85, но Дионисий в свой сборник заимствовал только 50.