В Русском государстве православная вера была господствующей и поддерживалась самим правительством. Великий князь Иван III (1463–1505 гг.) завершил объединение русских земель в одно централизованное государство. На церковном соборе в 1459 году было постановлено избирать митрополитов из русских людей без ведома Константинопольского патриарха. Окончательную независимость Русская Церковь приобрела в 1589 году. Во время пребывания в Москве Константинопольский патриарх Иеремия II поставил митрополита Иова первым патриархом Московским и всея Руси. Автокефалия (то есть независимость) Русской Православной Церкви была признана всеми православными Церквами, причем Московский патриарх получил пятое по чести место, после Иерусалимского. Право избрания Московских патриархов было предоставлено собору местных епископов.
В 1652 году патриархом был избран Никон, энергичный и деятельный человек. С его именем связана церковная реформа, приведшая к расколу в русском православии и к отделению от Русской Церкви представителей старообрядчества.
В Москве в Государственной Третьяковской галерее висит огромная картина, принадлежащая кисти Василия Сурикова. В центре полотна изображена заснеженная московская улица, по которой лошадь тянет простые сани. На них одетая в черную бархатную шубу боярыня Феодосия Морозова поднимает над головой правую руку. Видно, как согнуты мизинец и безымянный палец. Кажется, слышно, как звенит длинная цепь, надетая на руки немолодой уже женщины с изможденным лицом. На улице толпа. Слева за санями бежит мальчишка. Справа на снегу сидит босоногий юродивый в лохмотьях и провожает боярыню крестным знамением.
Картина отражает реальное событие ноября 1671 года. Одну из богатейших женщин Москвы, приближенную царя Алексея Михайловича, лишили всего состояния, жестоко пытали и сослали в городок Боровск, где через несколько лет она и скончалась в земляной тюрьме от полного истощения.
Перед властями боярыня была виновна только в одном – не захотела принять церковную реформу, которую начали проводить в середине XVII века. Смысл ее сводился к следующему. Постепенно набиравшее силу Московское государство стало ощущать себя преемником Византии. Однако со времени крещения Руси прошло уже много веков. Русские церковные службы и тексты священных книг отличались от греческих оригиналов. Патриарх Никон и царь Алексей Михайлович решили избавиться от этих различий и привести Русскую Церковь в полное соответствие с Греческой.
С современной точки зрения, речь шла о сущих пустяках. В частности, какие пальцы и как складывать, осеняя себя крестом, как кланяться, писать «Исус» или «Иисус», как ходить крестным ходом – по солнцу или в противоположном направлении. Были и другие нововведения, но они являлись столь же незначительными с точки зрения здравого смысла.
Церковная реформа встретила серьезное сопротивление многих верующих, которые были привержены старым обрядам. Поэтому их назвали старообрядцами. Чем сильнее упорствовали власти, тем ожесточеннее был протест. Старообрядцев объявили раскольниками, преступниками. Были сосланы в Сибирь духовный руководитель старообрядцев протопоп Аввакум и его сподвижники. Тысячи и тысячи ревнителей старины сами уходили в глухие места, устраивали новые поселения и наконец образовали отдельную старообрядческую Церковь.
Гонения на старообрядцев продолжались более двухсот лет. Лишь после 1905 года старообрядцы получили право организовывать общины, устраивать крестные ходы, иметь колокольный звон. Некоторые историки сравнивают гонения на старообрядцев с католической инквизицией. Гонения и в самом деле были жесточайшими, многих старообрядцев казнили самым изуверским образом. В 1971 году Православная Церковь отменила все постановления против старообрядцев и установила, что старые обряды равнозначны послереформенным.
При императоре Петре I (1689–1725 гг.) в жизни Церкви произошли значительные изменения. В 1703 году, после смерти патриарха Адриана, Петр решил не избирать нового патриарха, а учредил должность местоблюстителя патриаршего престола; он назначил на этот пост послушного ему Рязанского епископа Стефана Яворского. Перестали созываться церковные соборы. Для управления церковной жизнью Петр I создал духовную коллегию, которую назвал Святейшим Синодом, и подчинил ее правительству. Большую роль в Синоде играл обер-прокурор – светский чиновник, представлявший особу царя. Тем самым Церковь сделалась придатком государства. В интересах властей она была вынуждена даже нарушать тайну исповеди. Священник был обязан донести на исповедовавшегося, если речь шла о государственной измене.