Не смогли униаты захватить и Киевский Печерский монастырь, архимандритом которого с 1599 года стал Елисей Плетенецкий. Он обновил обитель, пришедшую в упадок, привел в порядок иноческую жизнь, собрал вокруг себя образованных монахов, завел типографию, с помощью которой развил широкую издательскую деятельность, устраивал школы. Елисей Плетенецкий скончался в 1624 году, назначив себе преемником Захария Копыстенского. Сопротивление окатоличиванию продолжали оказывать православные братства.
Восстановление иерархии произошло при отчаянном сопротивлении противников православия. Церковь, где происходило рукоположение епископов, охраняли вооруженные казаки, да и самому патриарху пришлось покинуть Киев под охраной казацкого войска. Иосиф Рутский, третий униатский митрополит, предал анафеме новых православных иерархов и смог убедить короля Сигизмунда III в том, патриарх Феофан – самозванец и шпион султана, а рукоположение, совершенное им, является неканоническим. В итоге король издал универсал, в котором повелел православных епископов и признающих их законными иерархами арестовывать и заключать в темницы.
У воинственных униатов были развязаны руки. Начались гонения, преследования, притеснения и убийства православных. Все вновь поставленные епископы так и не могли поселиться в своих епархиях и вынуждены были остаться под защитой казачества. Надежды на изменения положения православной церкви принесла очередная война с Турцией, поставившая Речь Посполитую на грань гибели. Король обратился за помощью к казакам и пообещал утвердить права православной иерархии. Однако, одержав благодаря Сагайдачному и его войску победу над турками в битве под Хотином (1621), Сигизмунд не выполнил своего обещания.
Новый митрополит Киевский Иов Борецкий предвидел новую волну гонений на православных, которая не заставила себя ждать. Поводом стало убийство полоцкого униатского епископа Иосафата Кунцевича. Известие о том, что православным епископом в Полоцк поставлен Мелетий Смотрицкий, автор знаменитого «Треноса» и известной «Грамматики», вызвало необычайное воодушевление в городе. Целые приходы стали возвращаться из унии в лоно церкви-матери. Чтобы воспрепятствовать этому, Иосафат Кунцевич, отличавшийся особой нетерпимостью к православию, стал предпринимать решительные меры, не позволяя «схизматикам» совершать богослужение даже в шалашах за городом. Доведенные до крайнего возмущения жители города Витебска набросились на униатского митрополита, забили его до смерти и бросили труп в реку.
Униаты немедленно причислили Кунцевича к лику мучеников, а Папа Урбан VIII (1623–1644) признал его блаженным. А в 1867 году Папа Пий IX причислил Кунцевича к лику святых и провозгласил его «небесным покровителем» России и Польши. Православные Витебска понесли жестокое наказание. Десятки людей были казнены, многих наказали кнутом, темницею, изгнанием.
События, связанные с гибелью Кунцевича, привели к переходу в унию нескольких видных деятелей православной церкви. В их числе были ректор Киевской братской школы Кассиан Сакович, черниговский архимандрит Кирилл Транквиллион и даже Мелетий Смотрицкий. Вынужденный бежать из страны, он отправился на Ближний Восток, где провел несколько лет. Вернувшись на родину, Смотрицкий издал несколько книг, в которых оправдывал переход в унию и критиковал труды православных полемистов, в том числе и свои предыдущие. Самая известная из них – «Апология», в которой автор обвинял православных в разных ересях и призывал присоединяться к католицизму.
Архимандрит Елисей Плетинецкий