После Брестской унии православные попали в тяжелое положение. Если верхи духовенства и аристократия покорно, а чаще с воодушевлением, отошли от веры предков, то средний класс – торговцы, ремесленники, мещане – оставались верными православию. А крестьянам было все равно, они вообще не различали теологические тонкости, главное, чтобы служба шла на понятном языке. Но священников, правильно проводивших службу, становилось все меньше и меньше… На Руси не было образовательного центра для православных священников. И тут от векового сна воспрял Киево-Печерский монастырь. Это произошло благодаря архимандриту Елисею Плетинецкому, с 1599 года возглавившего духовно-культурное движение в Киеве. Помимо строительства храмов, создания «шпиталя» для бедных и калек, печерский владыка организует типографию. Она, вместе с кружком ученых людей, преимущественно монахов, стала единым целым в деле просвещения. Это были выпускники западно-украинских школ. Так члены кружка, собранного Елисеем Плетинецким, организовали братскую школу, расположенную на Подоле, ставшей единственной организацией, обучающей православных. При братствах были организованы школы. В Киеве она стала четвертой после Острога (1580), Львова (1586), Вильно (1588). В 1589-м проездом в Киеве Константинопольский патриарх Иеремия II дал благословение на открытие православного училища. В 1614 году пожар «истребил» Братскую Богоявленскую церковь. На помощь пришли благодетели. 14 октября 1615 Анна Гулевичевна, супруга Мозырского маршалка Стефана Лозки, пожертвовала свой дом с усадьбой для школы, подчинив ее Исаию Копинскому.
Исаия Копинский, приняв монашество Киево-Печерской Лавре, скоро был поставлен «начальником ближних пещер Антониевых»
, не покидая их 15 лет, а именно до 1614 года. В этом году Исаия Копинский должен был расстаться на время со своим «неисходным житием» в пещерах Антониевых и по просьбе насельников Густынского монастыря направиться туда настоятелем. Анна Гулевичевна Лозко, супруга маршалка Мозырского, с согласия своего мужа отдала киевский дом и двор на Подоле для обустройства там монастыря патриаршей ставропигии, школы для детей всякого сословия и гостиницы для православных паломников. Для введения ее фундации в действие она пригласила Исаию Копинского с несколькими монахами и организовала там школу. Это дарение было заверено 14 октября 1615 года. Таким образом, Исаия оставил Антониевы пещеры и стал во главе вновь учреждаемого Богоявленского братства, ставшего предтечей Киево-Могилянской академии. В составе Богоявленского братства «первоначальник» его Исаия Копинский пробыл, однако, недолго. Вскоре был упрошен на устроение Густынского и Ладинского монастырей. Там прожил пару лет и, по совету архимандрита Киево-Печерской Лавры Елисея, «был взят на игуменство Межигорского монастыря». Во время его трехлетнего игуменства в монастыре «постиже в нашу землю Иерусалимский патриарх Феофан», и на пути из Московской земли от Путивля «опочиваше в сей святой обители» и отсюда пошел в Киев, где пробыл около года.К тому времени Исаия Копинский, став епископом Перемышлевским, провожал патриарха Феофана, возвращавшегося на Восток, до города Буша и отправился оттуда «на Волынь, и тамо нечто мало замедлив о некиих ему требованиях, паки возвратился восвояси до Киева»
. На Волынь Исаия Копинский ездил, чтобы вступить в управление своей епархией; но в Перемышль Исаия не допустили униаты, а потому он вскоре возвратился в Киев. По прибытии Исаия отправился в Межигорский монастырь, но там его, игумена, встретили плохо: «много братии удалились из монастыря и шатались они, Бог знает где; шум и недовольство на него не прекращались». Исаия вынужден был удалиться из Межигорского монастыря и прожил год в Киеве, а потом избрал 26 человек из межигорской братии своих приверженцев и отправил их в Густынскую обитель, обещая и сам туда скоро прибыть. С благословения митрополита Киевского Иова Борецкого, Исаия действительно скоро там появился. По прибытии в Густынь, посоветовавшись с братией, решил строить «церковь великую». Затем, оставив в Густынском монастыре игуменом иеромонаха Филарета, Исаия отправился в Лубны созидать Мгарский монастырь.