С титулом «епископа Смоленского и Черниговского и всего севера и монастырей Заднепровских» Исаия присутствовал на Соборе православных епископов в Киеве. На нем архиепископ Мелетий Смотрицкий во время литургии в Печерской церкви торжественно и всенародно признал себя
Недолго, однако, Исаие Копинскому пришлось управлять Киевской митрополией. По смерти Сигизмунда III на избирательный сейм в Варшаву от киевского духовенства отправился архимандрит Киево-Печерской Лавры Петр Могила и при нем ректор киевских школ Исаия Трофимович. Знатный по происхождению, близкий по родственным связям с князьями Вишневецкими, а через них и с другими магнатами, образованный и умный, Петр Могила успел истребовать на сейме настолько важные по тогдашним обстоятельствам привилегии для православной церкви и так сумел повести дело, что на сейме православные чины королевства и духовенство избрали его самого на митрополию Киевскую на место Исайи Копинского. Своим появлением в Киеве новый митрополит низложил с кафедры старого. Однако Исаия не захотел добровольно подчиниться своей участи и решил бороться с сильным соперником. Петр Могила со своей стороны прибег к крутым мерам. Он «запретил» или «низложил попов», посвященных Исаией, а его самого велел перевести из Михайловского монастыря в Киево-Печерскую Лавру, чтобы старый митрополит был лишен возможности где бы то ни было заявлять свои жалобы. Впрочем, вскоре, неизвестно по какому побуждению, Петр Могила старого митрополита снова поселил в Михайловской обители. Тот управлял ею до 1635 года, пока не выехал из нее уже навсегда – в Лубенский Мгарский монастырь, где и прилагал усилия в попечении о трех основанных им обителях – Мгарской, Густынской и Ладинской. Там любили его и называли тогда «епископом Лубенским». Но молодой владелец Вишневеччины, князь Иеремия Михайлович, имевший свою резиденцию в Лубнах, не захотел держать у себя так близко докучливого старца, который еще недавно из Киева своим «посланием» увещевал его. В 1636 году Иеремия Вишневецкий передал свои монастыри «заднепровские» Петру Могиле, с которым был в родстве со стороны своей матери Раины Могилянки и который в 1632 году в июне посвятил ему свою книжку «Крест Христа Спасителя и каждого человека».
Тогда Исаия Копинский, оставшийся только со званием «архиепископа Северского и игумена Михайловского монастыря», удалился в Полесье в намерении возвратить себе Михайловский монастырь. Ездил он жаловаться королю Владиславу IV на преследования со стороны Петра Могилы, но желаемой «управы» не получил. В 1637 году 1 февраля соперничающие митрополиты встретились в Луцке, в доме местного епископа, и сделали попытку к примирению, которое так и не получилось. Жил после этого Исаия в полеской глуши, ограничиваясь лишь сообщением своим монахам компрометирующих Петра Могилу известиями. Досадная борьба Петра Могилы со слабым, но упорным соперником, не имевшим великодушия отказаться от власти, удержать которую был не в состоянии, продолжалась до самой смерти Исайи Копинского. Окончил он «скорбную свою жизнь» в тех же самых пещерах Антониевых, где был пострижен и где так долго начальствовал. Скончался 5 октября 1640 года, как гласит об этом «старый помянник пещеры Антониевой».