Хотя все это стоило больших расходов, любое правительство, стремившееся вернуть себе Украину и верховья Днепра, а также выход к Балтике, вряд ли могло поступить иначе. Любой проект предполагал очевидные длительные конфликты с передовыми военными державами, поэтому Россия была вынуждена рационализировать свою армию. Имея это в виду, правительство завершило процесс, начатый во время Смоленской войны, и поставило лестницу военных чинов в зависимость от опыта, знаний, способностей и проявленного таланта. При этом кастовые привилегии старых служилых слоев игнорировались, тем более что почти все руководящие посты в новой армии предоставлялись иностранцам. Комментарии путешественника барона Августа Мейерберга свидетельствуют о том, каким огромным трудом это далось: он отмечал, что русские склонны полагаться не на военный опыт, а на дворянское происхождение. Военная реформа привела к созданию московской правящей элиты, поскольку западные выходцы из простонародья, командовавшие армией, тесно общались и пользовались престижем, влиянием и вознаграждениями наравне с московитами, включая царский двор и правительственную иерархию. Вознаграждения новой элите были соизмеримы с ее ответственностью, поскольку произвести коренную ломку армии в период внутренних беспорядков, сражаясь одновременно на нескольких фронтах, являлось трудной задачей. В русскую армию и в саму русскую жизнь была введена нежелательная степень рационализма. Правительственная политика теперь заключалась не только в том, что для занятия командных постов в первую очередь учитывались знания и ум, но и каждому чину в армии ставилась конкретная задача. Новая, гораздо более многочисленная армия имела, по крайней мере, организационную возможность действовать более эффективно. На каждый полк возлагались определенные задачи, которые ему надлежало выполнять, и (по крайней мере, теоретически) для выполнения каждой такой задачи автоматически назначалось ответственное лицо. Это значительно упростило задачу управления огромными массами войск, готовившихся выступить под русскими знаменами.
Иностранные офицеры-наемники стали теми людьми, к чьим заслугам относится в начале 1650-х гг. возрождение всех полков нового строя: солдат-пехотинцев, рейтеров и драгун, которые могли действовать как в качестве пехоты, так и конницы. Этими новыми (или возрожденными) родами войск командовали почти исключительно иностранцы. Менее 20 % являлись русскими, видимо, отчасти потому, что русские, которые по социальному происхождению могли стать кандидатами в офицеры, с пренебрежением относились к новой армии. До отмены системы местничества в 1682 г. служба в новом офицерском корпусе считалась социально унизительной, оскорбляющей как самих офицеров, так и их фамилии.
Перед войной с Речью Посполитой было сделано несколько прецедентных шагов. В 1649 г. правительство попыталось распространить свой военный опыт с использованием драгун на засеке на юге на северо-западную границу против Швеции. Оно постановило построить город Олонец и зачислить в солдаты всех крестьян и бобылей Заомеги и Лопских волостей. Эти крестьяне затем были освобождены от налогов взамен платы казне за их военные услуги, и каждому крестьянскому двору надлежало снабжать одного воина. Около 79 000 человек были зачислены в два полка. Еще одна тысяча солдат набраны аналогичным образом из Сумерского и Старопольского уездов.
Эти солдаты предназначались исключительно для службы на границе, но они оказались втянутыми в войну с Польшей и вскоре со Швецией, в частности в борьбе за Украину, когда все податное население стало постоянно нести солдатскую службу в пехоте. Так как крестьяне еще не научились собирать несколько поколений и семей в одном дворе (как они поступали потом), многие из них разорялись, когда на службу призывали единственного работника из двора. Ситуация сложилась настолько серьезной, что в октябре 1662 г. правительство постановило, чтобы крестьян не призывали в солдаты, и после войны уволило принятых на службу.