По всей вероятности, московские беспорядки в июне 1648 г. поколебали доверие правительства к стрельцам. Вместо того чтобы прийти на помощь государю, стрельцы принялись угрожать своему воеводе Морозову, разорили его дом в Кремле и присоединились к черни. Признавая военное отставание стрельцов, правительство в 1653 г. распорядилось обеспечить снаряжением будущих рекрутов (детей, братьев, племянников и других, проживающих с ними) призванных в солдаты, вместо того чтобы позволить им стать следующим поколением стрельцов. Кратко можно изложить послужной список стрельцов во время Русско-польской войны. Относительно немногие из них принимали участие в войне, а те, кто участвовал, проявили свою неспособность к длительной войне; стрельцу было так же дорого находиться вдали от своего источника средств к существованию, как и для поместного воина. Весной 1656 г. только 126 из требуемых 180 стрельцов удосужились явиться на службу, чтобы оказать помощь в строительстве большой флотилии из двухсот лодок для нападения на Ригу. Дисциплина у стрельцов полностью рухнула, и в конечном итоге их заменили солдатами. В московских военных летописях упоминалось о присутствии стрельцов на Азове в 1695 г., где они в очередной раз ничем не отличились. Во второй половине XVII в. правительство стало пренебрегать стрельцами вплоть до того, что отказалось платить за их вооружение. В результате далеко не у всех из них имелись хотя бы ружья – у некоторых были только алебарды. К 1670-м гг. положение в уездах ухудшилось до такой степени, что стрельцы были вооружены не лучше местного населения. В 1674 г. около половины из нескольких сотен стрельцов в Сумском остроге были вооружены разномастным огнестрельным оружием, другая половина – холодным оружием, главным образом всякими видами копий, а некоторые даже луками и стрелами.
Не только правительство, но и сами стрельцы понимали, что период их востребованности близится к концу. В первой половине XVII в. они по-прежнему добровольно оставались орудием правительства, но после 1648 г. две эти партии постепенно стали отдаляться друг от друга. (Те, кто превратился в элитную дворцовую стражу, являлись исключением.) Стрельцы слились с городским населением и переняли многое из их духовного настроя. Признание собственной отсталости, несомненно, объясняет их горячую приверженность эсхатологическому старообрядчеству, поскольку их мир близился к концу. Эта же причина объясняет еще более поразительное явление: тот факт, что во второй половине XVII в. в большинстве антиправительственных бунтов и восстаний стрельцы выступали на стороне бунтовщиков.
После восстания Разина (1666–1671) правительство решило, что с него хватит. Оно сократило количество стрельцов и разместило их по другим поселениям. В 1670-х их смешали с некоторыми полками иноземного строя. Указ от 25 марта 1680 г. частично реформировал стрельцов, находившихся на западной границе, а их офицеры получили звания, как и у командиров других полков нового строя. Указы от 1681 и 1682 гг. урезали и без того скудное денежное жалованье большинству оставшихся стрельцов и выделили им в качестве окладов пустующие земли. Стрельцам надлежало самим искать себе незаселенные места. В начале 1680-х гг. стрелецкие начальники (головы) отчаянно сопротивлялись военным преобразованиям. К концу 1680-х гг. даже иностранцы отмечали, что стрельцы пользовались более низким престижем, чем пехотные полки.
В таком состоянии Петр I и застал уцелевших стрельцов – пригодными для устрашения мирных жителей и участия в попытках дворцовых переворотов (1682, 1698), но более ни на что не способных. Ликвидация большинства из них Петром I в 1698 г. после вооруженного стрелецкого бунта не стала для правительства большой потерей. Петр приравнивал стрельцов к янычарам, и правильно, потому что и те и другие были вовлечены в дворцовую политику и городские беспорядки, да и нравы русских войск в заметной степени соответствовали их турецкому образцу. Последнее упоминание о стрельцах относится к 1710 г.
На решение царя Петра упразднить стрельцов мог повлиять и тот факт, что на Западе до введения штыков в конце XVII в. стрельцы сражались вместе с копейщиками, которые защищали их собой. В России таких копейщиков не было, поскольку стрельцов всегда защищала кавалерия, вначале поместная конница, а позже – рейтары и драгуны полков нового строя. Петр, взбешенный выступлением стрельцов на Азове в 1695 г., вынес из своей поездки на Запад заключение, что таким полкам, как стрелецкие, нет места в современной армии.