5 марта 1616 года Комиссия, назначенная Римским папой Павлом V, пришла к выводу о том, что гелиоцентрическая система мира несовместима со Священным писанием и что католик не должен считать, что Земля не является центром мира и вращается вокруг Солнца. Это решение было отменено только в 1818 году. В 1633 году Католическая церковь начала судебный процесс над почти 70-летним великим физиком Галилео Галилеем (1564–1642). Это при всем при том, что Г. Галилей был глубоко верующим человеком и писал, что
Следует отметить, что возникшие в начале XVI века протестантские конфессии в своем большинстве относились к Гелиоцентрической системе мира ещё более агрессивно, чем католическая церковь.
Взаимоотношение католической церкви и науки резко улучшились в правлении Римского папы Бенедикта XIV (1740–1758) (Просперо Ламбертини (1675–1758)). Ещё будучи архиепископом Болоньи, Просперо Ламбертини активно поддерживал Болонский университет и работавших в нем молодых исследований. С санкции П. Ламбертини в Болонском университете появилась первая в мире женщина-профессор Лаура Басси (1711–1778). В 1744 году Бенедикт XIV формирует группу из 25 исследователей, чьи работы он поддерживает и финансирует. В эту группу входит и Лаура Басси.
В 1758 году Бенедикт XIV дал указание вычеркнуть из списка запрещенных книг произведения, пропагандирующие гелиоцентрическую систему мира.
Многогранная деятельность Бенедикта XIV сделала его одним из наиболее уважаемых европейских лидеров. Папа пользовался большим уважением не только в католических, но и в протестантских странах. Так, после смерти ему был поставлен памятник в протестантской Великобритании. Однако далеко не все последующие Римские папы были столь же просвещенными. Так, правивший в 1831–1846 годах Римский папа Григорий XVI (Бартоломео Капеллари (1765–1846)) считал железнодорожный транспорт греховным и говорил, что кратчайший путь в ад пролегает по рельсам железной дороги.
В 1801 году увлекавшийся астрономией аббат Фелисиано Скарпеллини (1762–1840) провозгласил восстановление под эгидой католической церкви существовавшей в XVII веке Академии деи Линчеи, однако наладить реальную работу Академии он не смог. Она начала работать лишь после 1847 года, когда папа Пий IX (Джованни Мастаи-Феррети (1792–1878)) утвердил её Устав и наладил систематическое финансирование. В 1936 году новая Академия деи Линчеи была преобразована в Папскую Академию наук.
В настоящее время Папская Академия наук является мощной научной организацией, занимающаяся не только развитием науки, но и осмыслением социальных и духовных последствий этого развития. Новых членов Академии назначает Римский папа по рекомендации Совета Академии. При этом члены академии вовсе не обязательно должны быть католиками. Так, молекулярный биолог Вернер Арбер (род. 1929), который с 2011 года является Президентом Академии – протестант.
В настоящее время членами Папской академии наук являются трое Российских исследователей: математики Юрий Иванович Манин (род. 1937) и Сергей Петрович Новиков (род. 1938) и астрофизик Роальд Зинурович Сагдеев (род. 1932).
Новое обострение отношений между наукой и религиозными кругами произошло после появления теории биологической эволюции Чарльза Дарвина (1809–1882). Эта теория прямо противоречила библейскому тексту, повествующему о сотворении мира. Шокировала благочестивых людей и мысль о том, что Человек произошел от обезьяны.
Вначале против дарвинизма выступили и католики, и православные, и протестанты. Однако в дальнейшем ситуация изменилась. Первой признала дарвинизм Католическая церковь.
В 1906 году выдающийся энтомолог и католический священник из ордена иезуитов Эрик Васманн (1859–1931) прочел цикл лекций, в которых пропагандировал мысль о том, что теория биологической эволюции не противоречит христианской вере. Позже он написал и опубликовал книгу «Христианство и теория развития».
В 1909 году Папская Библейская комиссия заявила: