В конце 1656 или в начале 1657 года, находясь на вершине своего могущества, Никон письменно приглашал к себе Паисия Лигарида, проживавшего в Молдо-Валахии. Но прошло более пяти лет, когда митрополит Паисий в сопровождении целой свиты собрался в далекий путь. Он явился в Москву в то время, когда Никон уже пребывал в своем добровольном изгнании. Бывший патриарх чрез того же Арсения Грека приветствовал Лигарида и выражал надежду, что митрополит поможет его примирению с царем. Тот отвечал ему в самых вежливых выражениях. Но, разумеется, хитрый, корыстолюбивый грек скоро узнал и оценил положение дел и поспешил примкнуть к более сильной теперь боярской партии. Он поднес государю модель Гроба Господня, иорданскую воду, иерусалимские свечи и подал челобитную о вспоможении его бедной епархии. Государь велел выдать ему богатые подарки соболями и деньгами и назначил ему со свитой щедрое содержание. Благодаря своей вкрадчивости и находчивости, искусству тонко льстить, знанию многих европейских дел и отношений Паисий сумел так понравиться Алексею Михайловичу и его приближенным, что не замедлил сделаться важным лицом в московских церковных вопросах, продолжая при всяком удобном случае выпрашивать себе все новые милости и денежные пожалования.
Весной 1662 года Паисий Лигарид, конечно по желанию боярской партии, подал государю записку, в которой указывал, что нельзя так долго оставлять Русскую церковь без пастыря и что необходимо или избрать нового, или воротить прежнего, если он окажется невинным. Для обсуждения этого дела он советовал скорее снестись со вселенским, то есть цареградским, патриархом.
Записка эта была сообщена в копии Никону, и тот не замедлил ответить на нее Лигариду длинным письмом, которое Епифаний Славинецкий перевел на латинский язык. Тут он со своей точки зрения излагает повод к своему удалению из Москвы, то есть причиненные ему царем и боярами обиды, и тем старается себя оправдать. Паисий, в свою очередь, ответил также Никону в почтительных выражениях, но с явным осуждением его поступков. Видя, что с этой стороны ему не будет помощи, Никон вдруг заявил, что намерен апеллировать к папе, и прислал Паисию совсем неподходящую к делу справку о папском суде. Это заявление произвело в Москве впечатление, и власти поручили Паисию подвергнуть его критике. Лигарид составил записку, в которой на основании византийских хроник доказывал, что Русь приняла христианство от греков и что церковь наша всегда находилась под властью цареградского патриарха, следовательно, папа не имеет никакого права вмешиваться в дела этой церкви. Так своим искусным пером и своею ученостью Лигарид постепенно приобрел большой авторитет среди светских и духовных властей в Москве, и к нему стали постоянно обращаться за советами по делу Никона. По поручению царя боярин Семен Лукьянович Стрешнев передал Лигариду по этому делу около тридцати вопросов, на которые тот не замедлил написать ответы; последние были переведены на славянский язык толмачом Стефаном. Разумеется, ответы явились не чем иным, как подтверждением тех обвинений, которые высказывались в вопросах; причем обвинения эти равно касались важных и неважных предметов, были иногда совершенно правильны, а иногда не совсем справедливы. Например, Никон обвинялся в том, что при возведении на патриаршество в другой раз был рукоположен во епископа, запретил исповедовать и причащать разбойников, осужденных на смерть, называл себя «великим государем», щеголял роскошными облачениями и смотрелся в зеркало во время богослужения, сам сложил с себя патриаршие ризы во время отречения, рукополагал священников и дьяконов после этого отречения, назвал иудейским скопищем бывший ради него духовный собор 1660 года, называл свой Воскресенский монастырь Новым Иерусалимом, для обогащения которого разорил Коломенскую епископию, не оставил по себе наместника для управления церковью, изрекал проклятия, собственноручно бил подчиненных или отправлял их в ссылку, хулил государя за учреждение Монастырского приказа и даже называл его мучителем и хищником (духовных имуществ) и прочее. Кроме этих личных вопросов, тут были и общие, например: нужно ли созвать собор по делу Никона? Может ли царь сам созвать его, то есть без патриарха? Могут ли епископы судить своего патриарха? Грешит ли государь, оставляя вдовствовать церковь? И тому подобное. На все подобные вопросы Лигарид дал утвердительные ответы, нередко подкрепляя их ссылками на каноны, богословские соображения, на примеры из духовной истории и практики.