Списки с данных вопросов и ответов дошли до Никона. Крайне задетый ими, бывший патриарх дал волю своему и без того большому расположению к бумагописательству. Он написал пространную книгу, в которой подверг разбору и опровержению почти все выставленные против него обвинения. Очевидно, он имел немало свободного времени и над книгой этой работал едва ли не больше года; наполнил ее многими ссылками и цитатами, причем широко пользовался имевшимися у него под рукой Библией, Кормчей книгой, Толковым Евангелием, Апостолом и так далее. За исключением некоторых справедливых возражений, книга эта отличается более или менее неосновательными опровержениями. Неправдивость автора доходила до того, что он пытается отрицать даже свой всенародный отказ от патриаршества и называет его выдумкой. Тон этой книги очень несдержанный, грубый и раздражительный; противных ему сановников (князя Одоевского, митрополита Питирима, Паисия Лигарида) он осыпает бранью, называя их даже антихристами; не щадит и самого царя, выставляя его врагом и гонителем церкви. Любопытно, что тут он доходит до средневековых папских притязаний и аргументов. Так, он пытается доказать, что священство выше царства, ибо священство получает помазание от Бога, а царство от священства; архиерейскую власть уподобляет солнцу, царскую же месяцу, а месяц заимствует свой свет от солнца. Но эта обширная книга не оказала никакой услуги ее автору. Пока она сочинялась, события продолжали развиваться в противном ему направлении, чему содействовали не только Лигарид, но и сам Никон своим необузданным нравом.
Церковные неустройства, порожденные междупатриаршеством, все более и более давали о себе знать. Особенно великий соблазн в народе производило продолжавшееся разногласие в духовных службах и пении. Первые расколоучители пользовались сими неустройствами, чтобы возбудить православных людей против исправления книг и других никоновских мероприятий. Государь видел зло и скорбел. По его желанию бояре спрашивали Лигарида, как помочь горю и прекратить вдовство церкви. Паисий посоветовал созвать собор с участием восточных патриархов или их заместителей. Совет его был принят. Изготовили грамоты к патриархам Константинопольскому Дионисию, Александрийскому Паисию, Антиохийскому Макарию, Иерусалимскому Нектарию и бывшему Константинопольскому Паисию. В посольство к ним, по указанию Лигарида, избрали грека иеродиакона Мелетия, который обучал греческому пению соборный хор и получал за то царское жалованье. Ему вручили грамоты и щедрые подарки для патриархов и в начале 1663 года отправили на восток чрез Малую Россию и Молдо-Валахию. Государь думал созвать собор в июне месяце сего года и к тому времени велел съезжаться из областей русским архиереям, а ростовскому митрополиту Ионе и рязанскому архиепископу Илариону с некоторыми дьяками и боярами поручил изыскать и приготовить для собора всякие вины бывшего патриарха.
Несмотря на запрещение духовным и мирским лицам без особого разрешения посещать Воскресенский монастырь, в Москве были многие приверженцы Никона, которые продолжали сообщаться с ним и передавали ему все, до него касающееся. Таким образом, он скоро узнал о последних распоряжениях и понял, что настает решение его участи. Тогда он прибегает к своему сочинительскому таланту и шлет царю убедительные письма с оправдательными речами, с просьбой то о примирении и прощении, то о дозволении приехать и видеть его светлые очи; причем он пытается набросить тень на грека Мелетия, обвиняет его в подделывании печатей и подписей и тому подобное. Письма эти он доводит до государя при посредстве нового царского духовника, протоиерея Лукьяна. Но все тщетно: царь (по внушению бояр) более всего остерегается свидания с бывшим своим другом, остерегается также давать ему письменные ответы, а ограничивается словесными; ибо Никон был настолько дерзок, что злоупотреблял прежней интимной перепиской с царем, которую припрятал и на которую ссылался в своих притязаниях.
Меж тем помянутые выше соседские земельные столкновения с Сытиным и особенно с Бобарыкиным еще более обострились. По челобитью сего последнего на завладение его землей из Москвы пришел Никону приказ учинить добровольное соглашение. Когда же оно не состоялось, то присланные чиновники приступили к отмежеванию спорной земли Бобарыкину. Это было летом 1663 года. Никон и тут дал волю своему раздражению. Он велел в церкви во всеуслышание прочесть жалованную Воскресенскому монастырю царскую грамоту на имущества; положил ее на аналое под крест и образ Богородицы, совершил молебен Животворящему кресту и затем начал громогласно приводить клятвенные слова из 108-го псалма, а именно: «Да будут дни его мали, да будут сынове его сиры, и жена его вдова, да будут чада его в погубление» и так далее. На следующий день повторился тот же молебен и с теми же клятвами, в присутствии самого Романа Бобарыкина. Тот немедля донес в Москву, будто Никон предавал проклятию государя и весь царствующий дом.