Само собой разумеется, этот донос крайне взволновал Алексея Михайловича, который особенно огорчился за клятву на свое семейство. Посоветовавшись с духовенством и боярами, он для исследования дела отправил в Воскресенский монастырь трех духовных особ, митрополита Газского Паисия, астраханского архиепископа Иосифа и богоявленского архимандрита Феодосия, и трех думных людей, князя Никиту Одоевского, окольничего Родиона Стрешнева и дьяка Алмаза Иванова. Допрос начал Паисий, говоря по-латыни; а толмач переводил Никону. Но последний, задетый тем, что грек не подошел к нему под благословение, не захотел отвечать прямо на его вопросы и разразился грубой бранью, называя его собакой, вором, нехристем, самозванно носящим архиерейский титул. Когда же другие члены посольства стали спрашивать, для чего Никон клал царскую грамоту под крест и на кого произносил клятвенные слова, Никон объяснил, что слова эти относились к Роману Бобарыкину. Но в дальнейших пререканиях он забылся до того, что начал порицать государя за вмешательство в духовные дела и суды, особенно за Монастырский приказ; грозил отлучить его от церкви; уверял, будто он своего патриаршества не оставил; сравнивал присланных сановников с жидами, которые пришли на Христа; беспрестанно прерывал их речи, стучал своим посохом по полу и вообще вел себя крайне дерзко и грубо. На следующий день, воскресенье, он в церкви с так называемой Голгофы говорил длинную проповедь, в которой себя уподоблял Христу, шедшему на страдания, а присланных думных людей – Ироду, Пилату, Иуде, духовных же – Анне, Каиафе и так далее. Меж тем в этот и следующие дни производились допросы монастырской братии и патриаршим детям боярским как о помянутых клятвенных словах, так вообще об образе жизни Никона и о лицах, его посещавших. Власти приехали в сопровождении отряда вооруженных стрельцов, которые брали под караул всех допрашиваемых и сажали их по тюрьмам, вообще наводили большой страх и трепет на обитателей монастыря. Более недели приехавшие власти пробыли на следствии в Воскресенском монастыре и уехали, именем государя запретив Никону отлучаться куда бы то ни было.
Паисий Лигарид в эту поездку впервые увидел Никона и потом в своих записках сообщает, что на портрете и в действительности был поражен его зверообразной наружностью, великим ростом, большой толстокожею головою, черными волосами, узким морщинистым челом, нависшими бровями и длинными ушами, а также болтливостью и зычным голосом. Никону было тогда под 60 лет; но, очевидно, он вполне сохранил свои физические и умственные силы. Несмотря на приведенные сцены и на все признаки изобилия, которыми пользовался Никон (так что за раз угощал за своей трапезой 200 человек мирян или давал по 20 рублей милостыни приезжим духовным лицам), он вскоре потом возобновил свои послания к царю с уверениями в своей невинности и клевете на него и с просьбами о пособии в своей будто бы крайней бедности.
Время, назначенное для собора с участием восточных патриархов, уже миновало, и долго не получалось известий от посланного к ним иеродиакона Мелетия. Достигнув Царьграда, он вручил царские грамоты патриарху Дионисию и случайно бывшему там же иерусалимскому патриарху Нектарию. Они отказались от поездки в Москву, а вместо того написали общий обширный ответ на вопросы о деле Никона, и каждый подписался на отдельном списке. Затем один список с этого ответа отправили с греческим монахом к антиохийскому патриарху Макарию, а другой с тем же Мелетием к александрийскому патриарху Паисию; оба патриарха подписали эти списки. Обратное путешествие Мелетия много затруднялось военными действиями, происходившими в Молдавии и Малороссии. Только в мае 1664 года он прибыл в Москву. Хотя патриархи письменно и давали свое согласие на осуждение и низложение Никона, однако царь полагал, что одних патриарших грамот недостаточно и тем более что у Никона, как известно, грекофила, в самом греческом духовенстве нашлись сторонники, которые писали о возможности его возвращения. Сам иерусалимский патриарх Нектарий прислал царю особое послание в таком примирительном духе. Некоторые из греческих иерархов, пребывавших в Москве (например, иконийский митрополит Афанасий), действовали в пользу Никона, по зависти к Паисию Лигариду; были даже такие, которые отвергали подлинность патриарших подписей на грамотах, привезенных Мелетием.
Царь решил, что нужно пригласить самих патриархов в Москву. С этим приглашением в сентябре того же года вновь были отправлены на Восток тот же иеродиакон Мелетий с несколькими светскими лицами.