Алексей Михайлович, хотя и был удовлетворен торжественным и бесповоротным осуждением строптивого Никона, однако, по всем признакам, скорбел о судьбе бывшего своего друга и советника.
На следующий день, рано поутру, окольничий Родион Стрешнев принес ему от царя в подарок деньги, теплые лисьи и собольи одеяния для дороги, с просьбой преподать благословение его величеству и всему царскому семейству. Но бывший патриарх менее всего думал о смирении. Он не принял подарков и наотрез отказал в благословении. Вслед за тем Никону объявлено, что его отправляют в Белозерский Ферапонтов монастырь, и велели немедля собраться в дорогу. Его под сильным стрелецким конвоем вывезли из города в Арбатские ворота и направили по Дмитровской дороге; а чтобы отвлечь народ в другую сторону, заранее распустили слух, что его повезут из Кремля в Спасские ворота по Сретенке. Сюда действительно и устремились толпы, собравшиеся на проводы своего бывшего патриарха. Предосторожность оказалась не лишняя, ибо нельзя было поручиться за спокойствие столицы при известной несдержанности Никона и народном возбуждении.
Около 20 декабря Никона привезли в Ферапонтов монастырь и поместили с несколькими оставшимися при нем монахами в двух больничных кельях, так как незадолго случившийся пожар произвел большие опустошения в монастырских зданиях. На другой день явились к Никону сопровождавший его архимандрит Печерский Иосиф и стрелецкий полковник Шепелев, отобрали у него архиерейскую мантию и посох, которые отослали в Москву.
Когда миновали рождественские праздники, члены собора должны были выбрать нового патриарха. Прежде чем приступить к этому избранию, они собрались, чтобы подписать приговор о низложении Никона, облеченный в форму особого акта и, между прочим, подкрепленный ссылками на грамоту четырех восточных патриархов. Но тут неожиданно возникло разногласие. Блюститель патриаршего престола Крутицкий митрополит Павел и рязанский архиепископ Иларион, которые более других ратовали против Никона на соборе, вдруг отказались подписать акт о его низложении; они указывали на то, что в сем акте помещено было взятое из помянутой грамоты патриархов положение о полном подчинении русского архипастыря московскому царю и что таким образом Русская церковь будет находиться в совершенном порабощении у мирских властей, от которых и без того она терпит много притеснений.
Некоторые другие архиереи последовали сему примеру и также не хотели подписывать акт. Произошло немалое смущение. Узнав о том, царь огорчился. Патриархи пригласили архиереев приготовить письменные мнения к следующему заседанию, назначенному через два дня. Мнения эти разделились: одни доказывали превосходство царской власти, а другие поднимали значение епископской и вообще священства, причем ссылались на сочинения Иоанна Златоуста, Григория Богослова и прочих. Но тут выступил Паисий Лигарид, который явился красноречивым и горячим защитником преобладания царской власти над епископской. Приводимые из Отцов Церкви места он подвергал искусному толкованию в этом смысле, указывал яркие примеры из истории евреев, египтян, греков и римлян, а особенно распространялся о благочестии и смиренномудрии Алексея Михайловича. Несколько заседаний было посвящено сему вопросу. Кончилось тем, что Иларион и Павел раскаялись и просили патриархов исходатайствовать им прощение у государя. В заключение собор принял толкование спорного мнения в том смысле, что царь преобладает в делах политических, а патриарх – в церковных. Оба протестовавших архиерея после того подписались на акте низложения; тем не менее они подверглись временному запрещению совершать божественную службу; а Павел был отрешен и от местоблюстительства.